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分子生成质量指标公式图解指南

共计 30 章节
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01
引言
什么是分子生成？为什么需要质量评估
引言什么是分子生成？…
02
分子表示方法
SMILES · SELFIES与分子图
分子表示方法SMILES
03
生成模型概览
GAN · VAE · Flow与扩散模型
生成模型概览GAN
04
有效性指标（Validity）定义与计算公式
有效性指标（Validity）定义与计算… · 核心概念 · 实践要点
Validity有效性指标
05
唯一性指标（Uniqueness）定义与计算公式
唯一性指标（Uniqueness）定义与… · 核心概念 · 实践要点
Uniqueness唯一性指标
06
新颖性指标（Novelty）定义与计算公式
新颖性指标（Novelty）定义与计算公… · 核心概念 · 实践要点
Novelty新颖性指标
07
多样性指标概述与Tanimoto相似度
多样性指标概述与Tanimoto相似度 · 核心概念 · 实践要点
Tanimoto多样性指标概述
08
内部多样性（Internal Diversity）公式详解
内部多样性（Internal Diver… · 核心概念 · 实践要点
InternalDiversity
09
外部多样性（External Diversity）公式详解
外部多样性（External Diver… · 核心概念 · 实践要点
ExternalDiversity
10
药化性质指标
Lipinski五规则（Ro5）
药化性质指标Lipinski
11
药化性质指标
QED（定量药物相似性）
药化性质指标QED
12
药化性质指标
合成可及性（SA Score）
药化性质指标SA
13
药化性质指标
LogP · 分子量 · 氢键供体/受体
药化性质指标LogP
14
药化性质指标
拓扑极性表面积（TPSA）
药化性质指标TPSA
15
药化性质指标
可旋转键数及环数
药化性质指标可旋转键数
16
目标特异性指标
分子对接（Docking）分数
目标特异性指标Docking
17
目标特异性指标
结合自由能预测（MM/GBSA等）
目标特异性指标MM/GBSA
18
目标特异性指标
药效团匹配度计算
目标特异性指标药效团匹配度计算
19
综合质量指标
加权评分函数设计
综合质量指标加权评分函数设计
20
分布相似性指标
KL散度与Wasserstein距离
分布相似性指标KL
21
分子图属性分布
环系 · 手性与官能团频率
分子图属性分布环系
22
生成效率与可扩展性度量
生成效率与可扩展性度量 · 核心概念 · 实践要点
生成效率可扩展性度量
23
可视化辅助指标
t-SNE · PCA与UMAP投影
可视化辅助指标t-SNE
24
指标选择的原则与权衡策略
指标选择的原则与权衡策略 · 核心概念 · 实践要点
指标选择的原则权衡策略
25
常用工具与库
RDKit · DeepChem与MolScore
常用工具RDKit
26
案例实战
评估一个基于GAN的分子生成模型
案例实战GAN
27
常见陷阱
分布偏移 · 过拟合与指标误用
常见陷阱分布偏移
28
新趋势
多目标优化与AI自动指标调优
新趋势AI
29
数据集与基准
GuacaMol · MoleculeNet
数据集基准
30
总结与进一步学习资源
总结与进一步学习资源 · 核心概念 · 实践要点
进一步学习资源总结与进一步学习…