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PDB结构生成结果图谱验证案例

共计 30 章节
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01
PDB数据库概述
PDB起源 · 数据内容 · 访问方式与文件下载
PDB数据库概述
02
PDB文件格式详解
原子记录 · 链标识 · 残基编号
PDB文件格式详解
03
常用可视化工具
PyMOL · ChimeraX · VMD的安装与基本操作
常用可视化工具PyMOL
04
蛋白质结构基础
一级结构 · 二级结构 · 三级结构
蛋白质结构基础一级结构
05
结构质量评价指标
RMSD · TM-score · GDT_TS的定义与计算
结构质量评价指标RMSD
06
拉氏图(Ramachandran Plot)原理
φ/ψ二面角允许区域
RamachandranPlot
07
使用Procheck生成拉氏图
操作步骤与结果解读
Procheck使用
08
MolProbity验证流程
全原子接触 · 旋转异构体 · Cβ偏差
MolProbity验证流程
09
接触图(Contact Map)概念
残基间Cβ距离阈值
ContactMap
10
从PDB文件计算接触图
Python脚本实现
PDB文件计算接触图
11
距离图(Distance Map)计算
Cα距离矩阵与可视化
DistanceMap
12
深度学习预测接触图
AlphaFold2 · RoseTTAFold的接触输出
深度学习预测接触…AlphaFold2
13
AlphaFold2输出解读
pLDDT置信度分数及其分布
AlphaFold2输出解读
14
AlphaFold2输出解读
PAE预测对齐误差矩阵
AlphaFold2输出解读
15
预测结构图谱可视化
pLDDT着色 · PAE热图绘制
预测结构图谱可视…pLDDT
16
案例
利用pLDDT过滤低置信度区域以优化…
案例pLDDT
17
案例
利用PAE分析域间相对位置与柔性
案例PAE
18
多结构对齐验证
TM-align算法原理与使用
多结构对齐验证TM-align
19
结构叠合与RMSD计算
PyMOL align命令与脚本
RMSD结构叠合
20
序列比对与结构比对结合
HMMER与TM-score联合
序列比对结构比对结合
21
使用DSSP定义二级结构
H · E · C的分配
DSSP使用
22
二级结构一致性验证
预测与实验结构的二级结构匹配度
二级结构一致性验…预测
23
溶剂可及面积计算
Naccess或FreeSASA工具
溶剂可面积计算
24
氢键网络分析
HBplus或PyMOL的hbond…
氢键网络分析HBplus
25
二面角分布验证
Δ/ψ分布与已知结构库比较
二面角分布验证ψ分布
26
全局与局部质量打分汇总
QMEAN · MolProbity综合评分
全局局部质量打分汇总
27
自动化验证脚本编写
Python解析PDB并调用外部工具
自动化验证脚本编…Python
28
批量处理多个预测模型
并行计算与结果汇总
批量处理多个预测…并行计算
29
报告生成与可视化
PDF/HTML报告包含图谱与表格
报告生成可视化
30
综合案例
从头预测结构（AlphaFold2输…
综合案例AlphaFold2