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ADMET预测与结构关联热图案例

共计 30 章节
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01
ADMET预测概述
药物研发中的ADME/T性质及其重要…
ADMET预测概述
02
分子结构表示基础
SMILES · 分子图 · 分子指纹
分子结构表示基础SMILES
03
化学相似性度量
Tanimoto系数 · 欧氏距离 · 余弦相似度
化学相似性度量Tanimoto
04
热图简介
热图的数学原理与可视化作用
热图简介热图的数学原理
05
Python环境搭建
安装RDKit · Pandas · Matplotlib
Python环境搭建
06
使用RDKit读取和操作分子
从SMILES到分子对象
RDKit使用
07
计算分子指纹
Morgan指纹 · MACCS密钥 · ECFP
计算分子指纹Morgan
08
计算分子描述符
logP · 分子量 · 氢键供体/受体等
计算分子描述符logP
09
构建ADMET预测基础模型
回归与分类概念
ADMET构建
10
数据预处理
去重 · 标准化 · 处理缺失值
数据预处理去重
11
训练一个简单的logP预测模型（线性回归）
训练一个简单的logP预测模型（线性回归… · 核心概念 · 实践要点
logP训练一个简单的
12
评估模型性能
R² · MAE · RMSE
评估模型性能R²
13
分子相似性矩阵计算
批量计算Tanimoto矩阵
分子相似性矩阵计…Tanimoto
14
可视化相似性矩阵
使用Seaborn绘制热图
可视化相似性矩阵Seaborn
15
热图美化
颜色映射 · 聚类 · 标注
热图美化颜色映射
16
结构-活性关系初步分析
从热图发现聚类模式
结构活性关系初步分析
17
案例
预测水溶性（logS）并绘制结构相似…
案例logS
18
结合分子描述符的热图
描述符矩阵热图与关联分析
结合分子描述符的…描述符矩阵热图
19
降维可视化
PCA · t-SNE在分子空间的投影热图
降维可视化PCA
20
使用Scikit-learn训练分类模型
预测BBB渗透性
Scikit-learn使用
21
特征重要性分析
从模型系数或SHAP值生成热图
特征重要性分析SHAP
22
多任务ADMET预测
同时预测多个性质的热图展示
ADMET多任务
23
案例
毒性（hERG）预测与结构警报热图
案例hERG
24
热图中的聚类
层次聚类热图（clustermap）
热图聚类
25
交互式热图
使用Plotly生成可缩放 · 悬停显示的热图
交互式热图Plotly
26
基于深度学习的ADMET预测
使用PyTorch构建简单模型
ADMET基于深度学习的
27
注意力机制热图
分子图注意力网络的可解释性热图
注意力机制热图分子图注意力网络…
28
实际药物数据集
从ChEMBL下载数据并分析ADME…
实际药物数据集ChEMBL
29
综合项目
药物ADMET性质预测与结构关联热图…
综合项目ADMET
30
课程总结与进阶方向
ADMET预测前沿与工具链
课程总结进阶方向