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本课程属于：059-药物知识图谱解读 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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药物知识图谱项目从零到一

共计 30 章节

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知识图谱概述

什么是知识图谱 · 知识图谱的典型应用 · 医学领域知识图谱简介

知识图谱概述什么是知识图谱

药物数据来源

公开药物数据库（DrugBank · PubChem · ChEMBL）

药物数据来源DrugBank

数据获取与爬虫

Python爬虫基础 · 请求库（requests）与解析库（… · 爬取药物信息示例

数据获取爬虫

数据清洗与预处理

缺失值处理 · 去重 · 标准化（药物名称

数据清洗预处理

实体识别与抽取

命名实体识别（NER）概念 · 基于规则的方法 · 基于深度学习的NER（BERT

实体识别抽取

实体关系分类 · 远程监督方法 · 预训练模型在关系抽取中的应用

关系抽取实体关系分类

知识表示与本体建模

RDF · OWL基础 · 药物领域本体设计（概念

知识表示本体建模

图数据库基础

图数据库概念 · Neo4j安装与配置 · Cypher查询语言入门

图数据库基础图数据库概念

将药物实体与关系导入Neo4j · 节点与关系的建模 · 索引创建

知识存储Neo4j

实体对齐与去歧义 · 基于相似度的对齐方法 · 利用外部知识库（如UMLS）进行映射

知识融合实体对齐

基于规则的推理 · 路径排序 · 图神经网络推理初步

知识推理基于规则的推理

图神经网络基础

GCN · GAT原理 · PyG（PyTorch Geomet…

图神经网络基础GCN

药物-药物相互作用预测

问题定义 · 数据构建 · 基于GNN的预测模型

药物药物相互作用预测

药物-靶点关联预测

知识图谱链路预测任务 · TransE等嵌入方法 · 模型评估

药物靶点关联预测

问答系统设计

药物知识问答场景分析 · 基于模板的问答 · 基于检索的问答

问答系统设计药物知识问答场景…

实体链接与检索

Elasticsearch搭建 · 药物实体索引 · 模糊查询优化

实体链接检索

自然语言查询理解

意图识别 · 槽位填充 · 使用BERT微调实现

自然语言查询理解意图识别

知识图谱可视化

Neo4j Browser使用 · D3.js和Cytoscape.js… · 交互式知识图谱展示

知识图谱可视化Neo4j

Web后端开发

Flask快速搭建REST API · 与Neo4j集成 · 查询接口设计

Web后端开发

Web前端开发

Vue.js基础 · 组件化开发 · 可视化组件封装

Web前端开发

系统架构设计

前后端分离 · 微服务思路 · API网关与负载均衡

系统架构设计前后端分离

数据增量更新

定时爬取新数据 · 增量导入策略 · 版本管理

数据增量更新定时爬取新数据

质量评估与验证

知识图谱覆盖率 · 准确率评估 · 人工验证流程

质量评估验证

安全与权限

API认证（JWT） · 数据脱敏 · 防注入攻击

Neo4j查询优化 · 索引策略 · 缓存机制（Redis）

性能优化Neo4j

部署与运维

Docker容器化 · Docker Compose一键部署 · CI/CD流水线

单元测试（pytest） · 集成测试 · 压力测试（Locust）

构建一个简化的药物知识图谱（从数据获…

案例实战构建一个简化的药…

项目文档与汇报

技术文档编写 · API文档自动生成（Swagger） · 项目演示

项目文档汇报

课程总结与展望

当前挑战 · 未来方向（大模型+知识图谱 · 联邦知识图谱）

课程总结当前挑战