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SPARQL查询药物图谱教程

共计 30 章节
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01
课程导论
什么是药物图谱？SPARQL简介与学…
课程导论SPARQL
02
RDF数据模型
三元组 · 资源 · 属性
RDF数据模型
03
SPARQL查询入门
SELECT语句与基本模式匹配
SPARQL查询入门
04
变量与绑定
使用?variable查询特定资源与…
变量绑定
05
PREFIX声明与IRI缩写
简化URI书写
PREFIXIRI
06
过滤条件
FILTER关键字与布尔表达式 · 正则匹配
过滤条件FILTER
07
可选查询
OPTIONAL与UNION处理缺失…
可选查询OPTIONAL
08
排序与限制
ORDER BY · LIMIT · OFFSET分页
排序限制
09
聚合函数
COUNT · SUM · AVG
聚合函数COUNT
10
子查询
嵌套SELECT实现复杂逻辑
子查询SELECT
11
图模式
基本图模式 · GROUP GRAPH · NAMED GRAPH
图模式基本图模式
12
联邦查询
SERVICE关键字跨端点联合查询
联邦查询SERVICE
13
药物知识图谱概览
DrugBank · ChEBI · PubChem等常用数据集
药物知识图谱概览DrugBank
14
查询药物基本信息
名称 · 描述 · 结构式
查询药物基本信息名称
15
查询药物靶点
靶点基因 · 蛋白质 · UniProt标识
查询药物靶点靶点基因
16
查询药物-药物相互作用（DDI）
机制 · 严重程度
DDI查询药物
17
查询药物副作用
副作用列表 · 频率 · SIDER数据
查询药物副作用副作用列表
18
查询药物参与的代谢通路
KEGG · Reactome关联
查询药物参的代谢通路
19
多跳路径查询
使用属性路径找到间接关系（path…
多跳路径查询path
20
复杂关系发现
药物-疾病-基因三角查询
复杂关系发现药物
21
推理查询
利用OWL推理机推理隐含知识
推理查询OWL
22
更新操作
INSERT · DELETE · INSERT DATA修改图谱
更新操作INSERT
23
构建子图
CONSTRUCT导出RDF子图
构建子图CONSTRUCT
24
描述查询
DESCRIBE获取资源的完整描述
描述查询DESCRIBE
25
ASK查询
快速检查是否存在匹配模式
ASK查询
26
性能优化
查询计划分析 · 索引 · 结果集限制
性能优化查询计划分析
27
实战案例1
查找治疗特定疾病（如糖尿病）的所有药…
实战案例1查找治疗特定疾病
28
实战案例2
分析药物-靶点网络并可视化
实战案例2分析药物
29
实战案例3
药物重定位发现——基于相似性查询
实战案例3药物重定位发现
30
总结与展望
SPARQL在精准医学与药物发现中的…
SPARQL精准医学