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药物知识图谱技术栈选择指南

共计 30 章节
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01
技术栈概览
药物知识图谱技术栈全景图 · 核心组件与选型原则
技术栈概览药物知识图谱技术…
02
图数据库选型
Neo4j · JanusGraph · ArangoDB
图数据库选型Neo4j
03
Neo4j入门
安装配置 · Cypher基础 · 节点与关系建模
Neo4j安装配置
04
Neo4j高级特性
索引 · 查询优化 · APOC插件
Neo4j高级特性
05
JanusGraph实战
分布式部署 · HBase/后端存储集成 · Gremlin查询
JanusGraph分布式部署
06
知识图谱本体设计
药物本体模型（Drug Ontolo… · 关系定义 · 属性规划
知识图谱本体设计Drug
07
药物数据源解析
DrugBank · ChEMBL · PubMed
药物数据源解析DrugBank
08
实体识别与命名实体识别（NER）
规则方法 · 深度学习模型（BERT · BioBERT）
NER实体识别
09
关系抽取（RE）
基于预训练模型（REBEL · T5） · 联合抽取
RE关系抽取
10
实体对齐与消歧
同义实体合并 · ID映射 · 基于嵌入的对齐
实体对齐消歧
11
知识图谱存储与加载
批量导入（Neo4j Admin I… · JanusGraph BulkLoa… · 流式写入
知识图谱存储加载
12
知识图谱查询优化
索引策略 · 查询计划分析 · 缓存机制
知识图谱查询优化索引策略
13
自然语言处理（NLP）管道
分词 · 词性标注 · 依存句法在药物文本中的应用
NLP自然语言处理
14
语义搜索与问答
基于图数据库的SPARQL/Cyph… · Elasticsearch全文检索
语义搜索问答
15
图算法与药物发现
社区检测（Louvain） · 路径分析 · 节点相似度（Jaccard）
图算法药物发现
16
药物相互作用预测
基于图的链路预测 · TransE/RotatE嵌入 · 图神经网络（GNN）
药物相互作用预测基于图的链路预测
17
知识图谱补全
缺失关系推理（RotatE · ComplEx） · 时序推理
知识图谱补全RotatE
18
可视化技术
Neo4j Bloom · Cytoscape.js · D3.js
可视化技术Neo4j
19
Docker容器化部署
图数据库 · API服务 · 前端应用的容器编排
Docker容器化部署
20
API开发与集成
RESTful API（Neo4j… · 自定义Flask/FastAPI） · GraphQL
API开发
21
数据管道与ETL
Airflow调度 · Spark处理 · Kafka消息队列
ETL数据管道
22
联邦学习与隐私计算
药物数据安全共享 · 差分隐私 · 安全多方计算
联邦学习隐私计算
23
大规模图计算框架
Apache Spark Graph… · Flink Gelly · 分布式图处理
大规模图计算框架Apache
24
知识图谱评估
质量度量（准确率 · 召回率 · F1）
知识图谱评估质量度量
25
工具与平台选型
Stardog · GraphDB · Neo4j Aura
工具平台选型
26
药物知识图谱设计模式
星型模式 · 雪花模式 · 超图建模
药物知识图谱设计…星型模式
27
时序知识图谱
药物随时间变化的属性 · 动态关系 · 时序推理
时序知识图谱药物随时间变化的…
28
多语言与多模态拓展
非英语药物文献 · 化学结构图 · 医学影像集成
多语言多模态拓展
29
药政法规与元数据标准
FDA数据标准 · CDISC · OWL/RDF标准
药政法规元数据标准
30
项目实战案例
从头搭建一个以糖尿病药物为中心的知识… · 包含数据采集 · 建模
项目实战案例从头搭建一个以糖…