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药物知识图谱入门教程

共计 30 章节
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01
课程导论
知识图谱概念 · 发展历程 · 在药物研发中的核心价值（药物重定位
课程导论知识图谱概念
02
知识图谱基础
实体 · 关系 · 属性
知识图谱基础实体
03
本体与语义网络
本体定义 · OWL与RDF简介 · Protégé工具使用
本体语义网络
04
知识图谱生命周期
知识获取 · 知识表示 · 知识融合
知识图谱生命周期知识获取
05
RDF与SPARQL
RDF数据模型 · 序列化格式（Turtle · RDF/XML）
RDFSPARQL
06
属性图模型
属性图与RDF对比 · Neo4j的节点/关系/属性 · Cypher查询语言基础
属性图模型RDF
07
知识表示学习
TransE · TransR等嵌入模型 · 向量表示在药物相似度计算中的应用
知识表示学习TransE
08
命名实体识别（NER）
基于规则 · CRF · 深度学习（LSTM+CRF）
NER命名实体识别
09
关系抽取
远程监督 · 基于BERT的关系分类 · 药物-靶点
关系抽取远程监督
10
实体链接与消歧
实体指称识别 · 候选生成 · 实体消歧算法
实体链接消歧
11
属性抽取
从结构化数据库（DrugBank · SIDER）提取属性 · 从文本中抽取药物剂量
属性抽取DrugBank
12
知识融合基础
实体对齐 · schema对齐 · 冲突消解
知识融合基础实体对齐
13
药物实体对齐
跨数据库（DrugBank · PubChem · ChEMBL）实体匹配
药物实体对齐DrugBank
14
知识存储之RDF存储
Apache Jena TDB · Virtuoso · Stardog的部署与查询性能对比
RDF知识存储之
15
知识存储之图数据库
Neo4j安装与配置 · Cypher导入CSV · 构建药物知识图谱的实践
知识存储之图数据…Neo4j
16
图算法基础
PageRank · 社区发现 · 最短路径
图算法基础PageRank
17
知识推理
基于Datalog · OWL DL推理与图规则推理 · 药物相互作用推导
知识推理Datalog
18
SPARQL进阶
FILTER · OPTIONAL · UNION
SPARQL进阶
19
药物知识图谱构建案例
从DrugBank+PubMed构建…
药物知识图谱构建…DrugBank+Pub…
20
药物重定位
利用知识图谱的图算法和路径模式发现新…
药物重定位利用知识图谱的图…
21
药物不良反应预测
基于图神经网络的知识图谱补全 · 数据源（SIDER · FAERS）
药物不良反应预测基于图神经网络的…
22
药物相似性计算
基于结构指纹 · 靶点谱 · 副作用谱的相似度
药物相似性计算基于结构指纹
23
药物相互作用预测
知识图谱嵌入+深度学习的DDI预测模…
药物相互作用预测DDI
24
知识图谱质量评估
完整性 · 准确性 · 一致性评估方法
知识图谱质量评估完整性
25
大规模知识图谱工具
Apache Spark处理超大RD… · 分布式图数据库（JanusGraph…
大规模知识图谱工…Apache
26
自然语言查询与问答
基于知识图谱的药物问答系统（Cyph…
自然语言查询问答
27
可解释性在药物知识图谱中的应用
路径解释 · 注意力机制 · 反事实解释
可解释性药物知识图谱
28
多模态药物知识图谱
融合文本 · 分子结构 · 影像数据的知识图谱
多模态药物知识图…融合文本
29
项目实战（上）
需求分析 · 数据采集 · 本体设计
项目实战需求分析
30
项目实战（下）
知识融合 · 导入Neo4j · Cypher问答
项目实战知识融合