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本课程属于：059-药物知识图谱解读 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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药物图谱规则推理实战案例

共计 30 章节

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药物图谱概述

知识图谱基本概念 · 药物图谱的定义与价值 · 典型应用场景（药物重定位

药物图谱概述知识图谱基本概念

医学知识表示

实体（药物 · 靶点 · 疾病）

医学知识表示实体

规则推理基础

什么是规则推理 · 前向链推理与后向链推理 · 规则与事实的区别

规则推理基础什么是规则推理

SWRL规则语言

SWRL语法结构（Atom · Imp） · 内置函数

SWRL规则语言

Datalog与图规则

Datalog递归查询 · 与OWL的对比 · 如何在药物知识库中表达传递规则

Datalog图规则

图数据库选型

Neo4j · JanusGraph · ArangoDB对比

图数据库选型Neo4j

药物图谱数据源

DrugBank · CTD · STITCH

药物图谱数据源DrugBank

数据预处理与实体对齐

药物实体标准化（ChEBI · PubChem CID） · 同义词合并

数据预处理实体对齐

知识图谱构建（上）

三元组生成策略 · 使用Python+SPARQLWra…

知识图谱构建三元组生成策略

知识图谱构建（下）

关系抽取 · 文档级联合抽取模型 · 用BioBERT从文献中提取药物相互…

知识图谱构建关系抽取

图数据库导入实战

使用Neo4j Admin Impo…

图数据库导入实战Neo4j

Cypher高级查询

路径匹配 · 模式匹配 · 聚合函数

Cypher高级查询

规则引擎概览

Drools · jena推理器 · GraphRule推理引擎的适用场景

规则引擎概览Drools

基于OWL的推理

使用Protégé编辑本体 · HermiT推理器验证一致性 · 类层次推断

自定义规则推理引擎设计（上）

规则解析器 · 事实库与工作内存的设计模式

自定义规则推理引…规则解析器

自定义规则推理引擎设计（下）

模式匹配算法（RETE · TREAT） · 冲突消解策略

自定义规则推理引…RETE

药物协同作用规则推理

定义“A和B联合用药增强疗效”的规则 · 基于靶点通路逻辑的推理

药物协同作用规则…定义“A

药物禁忌规则推理

定义“C与D同服产生毒性”的规则 · 利用图可达性检测冲突

药物禁忌规则推理定义“C

药物重定位推理案例（上）

基于靶点相似性规则 · 从现有药物预测新适应症

药物重定位推理案…基于靶点相似性规…

药物重定位推理案例（下）

构建规则“药品-靶点-疾病”路径 · 使用Groovy脚本自动生成候选

药物重定位推理案…构建规则“药品

不良反应因果推理

构建“药物→代谢酶→不良反应”规则链 · 结合临床证据权重

不良反应因果推理构建“药物→代谢…

规则冲突检测与解释

系统发现矛盾规则时的处理策略 · 用户可解释性输出

规则冲突检测解释

知识图谱嵌入与规则融合

TransE · RotatE与规则推理的互补 · 使用RUGE模型融合方法

知识图谱嵌入规则融合

大规模推理效率优化

规则分层 · 并行化策略 · 使用Spark GraphX进行分布…

大规模推理效率优…规则分层

规则维护与持续学习

版本控制（Git for rules… · 新数据增量更新 · 规则退役机制

规则维护持续学习

API与集成开发

封装推理服务为RESTful接口 · 提供GraphQL查询 · 与临床决策支持系统对接

API集成开发

规则推理的准确性 · 召回率 · F1分数

评估指标规则推理的准确性

构建糖尿病药物—靶点—基因交互规则库 · 推理潜在新药

抗抑郁药物配伍禁忌规则推理 · 生成临床用药建议报告

课程总结与展望

当前挑战（规则学习自动化 · NLP增强） · 未来方向（神经符号系统）

课程总结当前挑战