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药物图谱图表可视化实战

共计 30 章节

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药物图谱概述

药物图谱的定义 · 发展历程 · 在药物研发中的应用

药物图谱概述药物图谱的定义

可视化基础

常见图表类型（折线图 · 柱状图 · 网络图）及可视化工具选择

可视化基础常见图表类型

从公开数据库（DrugBank · CTD）获取药物相关数据

数据获取DrugBank

使用Pandas处理缺失值 · 重复值 · 数据类型转换

数据清洗Pandas

知识图谱基础

实体（药物 · 靶点 · 疾病）

知识图谱基础实体

网络图可视化原理

节点 · 边 · 布局算法

网络图可视化原理节点

使用NetworkX构建药物网络

创建图 · 添加节点和边

Matplotlib绘制静态网络图

节点颜色 · 大小 · 标签

Matplotlib绘制静态网络图

Plotly绘制交互式网络图

悬停信息 · 缩放 · 拖拽

Plotly绘制交互式网络图

Pyvis生成HTML交互图

快速生成前端可交互网络

药物-靶点关系可视化

构建药物与靶点的二分图

药物靶点关系可视化

药物-疾病关系可视化

展示药物与疾病之间的治疗/副作用关系

药物疾病关系可视化

基因-药物相互作用网络

整合基因表达数据

基因药物相互作用网络

药物副作用网络

基于不良反应报告的关联网络

药物副作用网络基于不良反应报告…

多关系图谱构建

合并多种关系类型

多关系图谱构建合并多种关系类型

图数据库Neo4j介绍

安装 · Cypher查询语言

Neo4j图数据库

将Python数据导入Neo4j

使用py2neo或bulk impo…

Cypher高级查询

路径查询 · 聚合分析

Cypher高级查询

图算法应用

社区发现 · 中心性分析 · PageRank

图算法应用社区发现

药物重定位案例

通过网络分析发现新适应症

药物重定位案例通过网络分析发现…

药物组合预测

基于网络模块的协同作用预测

药物组合预测基于网络模块的协…

大规模可视化挑战

稀疏化 · 分层次展示

大规模可视化挑战稀疏化

Gephi工具使用

布局调整 · 统计指标 · 导出

Gephi工具使用

动态网络可视化

时间序列药物关联变化

动态网络可视化时间序列药物关联…

交互式仪表盘

基于Dash或Streamlit构建

交互式仪表盘Dash

图嵌入技术

Node2Vec · GraphSage用于药物特征学习

图嵌入技术Node2Vec

可解释性分析

突出关键节点和路径

可解释性分析突出关键节点

使用PyPyGraph · Vis.js处理大数据

性能优化PyPyGraph

部署与分享

将可视化成果部署为Web应用

总结与展望

药物图谱可视化的未来趋势

药物图谱可视化的…总结与展望