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Kraken2与Centrifuge对比分析教程

共计 30 章节
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01
宏基因组分类学概述
Kraken2与Centrifuge…
宏基因组分类学概…Kraken2
02
环境搭建
Linux系统准备与依赖安装
环境搭建Linux
03
Kraken2安装与编译
Kraken2安装与编译 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2安装
04
Centrifuge安装与编译
Centrifuge安装与编译 · 核心概念 · 实践要点
Centrifuge安装
05
Kraken2数据库构建
标准数据库（如RefSeq）
Kraken2数据库构建
06
Centrifuge数据库构建
索引与下载
Centrifuge数据库构建
07
Kraken2自定义数据库构建
Kraken2自定义数据库构建 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2自定义数据库构建
08
Centrifuge自定义数据库构建
Centrifuge自定义数据库构建 · 核心概念 · 实践要点
Centrifuge自定义数据库构建
09
Kraken2分类流程
命令参数详解
Kraken2分类流程
10
Centrifuge分类流程
命令参数详解
Centrifuge分类流程
11
Kraken2输出格式解析
kraken.report与krak…
Kraken2输出格式解析
12
Centrifuge输出格式解析
centrifuge.report与…
Centrifuge输出格式解析
13
分类结果可视化
Kraken2的Krona图
分类结果可视化Kraken2
14
分类结果可视化
Centrifuge的Pavilio…
分类结果可视化Centrifuge
15
性能对比
分类速度与内存占用
性能对比分类速度
16
性能对比
分类准确率与灵敏度
性能对比分类准确率
17
数据库大小对性能的影响
数据库大小对性能的影响 · 核心概念 · 实践要点
数据库大小对性能…重点
18
多序列比对模式
Kraken2的k-mer vs C…
多序列比对模式Kraken2
19
处理超过RAM限制的数据集
Kraken2的--memory-m…
RAM处理超过
20
处理超过RAM限制的数据集
Centrifuge的大索引
RAM处理超过
21
并行化与批处理
多线程与SGE/云作业
并行化批处理
22
结果过滤与统计
使用Bracken进行丰度估计
结果过滤统计
23
结果过滤与统计
Centrifuge的Kraken2…
结果过滤统计
24
混合使用Kraken2与Centrifuge的策略
混合使用Kraken2与Centrifu… · 核心概念 · 实践要点
Kraken2Centrifuge
25
病毒与细菌分类的特殊考虑
病毒与细菌分类的特殊考虑 · 核心概念 · 实践要点
病毒细菌分类的特殊考…
26
耐药基因与毒力因子检测中的应用
耐药基因与毒力因子检测中的应用 · 核心概念 · 实践要点
耐药基因毒力因子检测
27
实际案例分析
肠道微生物组数据分类
实际案例分析肠道微生物组数据…
28
实际案例分析
环境样本分类
实际案例分析环境样本分类
29
常见问题与错误排查
常见问题与错误排查 · 核心概念 · 实践要点
常见问题错误排查
30
课程总结与最佳实践建议
课程总结与最佳实践建议 · 核心概念 · 实践要点
课程总结最佳实践建议