环境搭建：Linux系统准备与依赖安装
嗯，开始动手搭环境了。别小看这一步，我在项目里见过太多同学因为系统环境不对，折腾好几天装不上Kraken2或Centrifuge。说白了，后面所有对比分析都依赖这层地基。我先把经验浓缩成一张流程图，你跟着走就行，基本不会踩坑。
选对Linux发行版，省一半麻烦
我个人的习惯是：长期跑生产环境用Ubuntu 20.04 LTS或22.04 LTS。CentOS 7以前也行，但官方停止维护后，包管理越来越麻烦。如果你手里是新服务器，直接上Ubuntu 22.04，apt源里预编译包几乎全覆盖，编译时少掉很多头发。
为什么会特别强调发行版？我在项目里遇到过一位同事，他在Arch Linux上装Kraken2，一路顺，结果Centrifuge死活编译不过，原因是Boost版本太新。说白了，长期项目还是走主流LTS版本最稳。
| 发行版 | 推荐版本 | 包管理器 | 备注 |
|---|---|---|---|
| Ubuntu | 20.04 / 22.04 LTS | apt | 首选，依赖最全 |
| Debian | 11 / 12 | apt | 与Ubuntu近似，软件稍旧 |
| CentOS | 7（已EOL） | yum | 不推荐，需EPEL/SCL |
| Rocky Linux / AlmaLinux | 8 / 9 | dnf | CentOS替代品，可用 |
| openSUSE | Leap 15.5 | zypper | 小众但可用 |
基础工具链：项目经理级别的必备
不管用哪个发行版，下面这几样都是刚需：git、cmake、g++（或clang）、make、python3（含pip）。我个人习惯把系统自带python和miniconda分开，避免污染系统环境。
我们直接看命令，以Ubuntu 22.04为例：
sudo apt update
sudo apt install -y git cmake g++ make python3 python3-pip
# 可选：libz-dev 某些老版本Kraken2需要
sudo apt install -y zlib1g-dev # 绝大部分Linux自带如果你用的是RedHat系（Rocky/Alma）：
sudo dnf groupinstall "Development Tools"
sudo dnf install -y git cmake python3 python3-pip zlib-devel装完后建议验证一下：
g++ --version
cmake --version
git --version
python3 --versiong++版本最好 >= 7.0，低于5.0会直接编译不过Kraken2和Centrifuge。如果系统版本太低，可以用conda install -c conda-forge gxx_linux-64来获取一个可用的编译器。Kraken2的依赖细节
Kraken2本身是纯C++项目，依赖很简单：
- g++ 4.8+（推荐7+）
- make
- zlib1g-dev
- 部分功能需要perl脚本，但编译不依赖Perl
下载和编译：
git clone https://github.com/DerrickWood/kraken2.git
cd kraken2
./install_kraken2.sh /usr/local/bin如果遇到zlib.h: No such file or directory，就补装zlib1g-dev。有时候系统包名可能叫libz-dev或者zlib-devel，根据发行版调一下。
g++编译，如果你系统有多个编译器，可以用CXX=clang++来指定。我在Ubuntu 20.04上就碰到过gcc 9编译报错，换clang 10一次过。Centrifuge的依赖细节
Centrifuge比Kraken2多几个依赖：
- g++ 4.8+（推荐7+）
- cmake (>= 3.1)
- Boost库（>= 1.42，推荐1.60+）
- Perl（用于构建和运行脚本）
- 可选：bzip2-dev / libbz2-dev（用于压缩支持）
安装Boost在Ubuntu上很简单：
sudo apt install -y libboost-all-dev但在CentOS/Rocky上，需要用sudo dnf install boost-devel。如果你用conda环境，也可以直接：
conda install -c conda-forge boost-cpp然后编译Centrifuge：
git clone https://github.com/infphilo/centrifuge.git
cd centrifuge
make如果cmake找不到Boost，可以手动设置BOOST_ROOT环境变量。我曾经在CentOS 7上卡在这里，因为系统自带的Boost 1.53版本不够，最后用conda装的才解决。
conda create -n metagenomics -c conda-forge gxx_linux-64 cmake boost-cpp python git，然后在这个环境里分别编译两个软件。共享的数据库工具依赖
除了编译依赖，运行阶段还需要：
- wget 或 curl（下载数据库文件）
- tar / gzip / bzip2 / zstd（解压数据库）
- rsync（部分镜像站使用）
安装：
sudo apt install -y wget curl tar gzip bzip2 zstd rsync或者RedHat系：
sudo dnf install -y wget curl tar gzip bzip2 zstd rsync-c参数：wget -c 大文件URL。验证环境是否就绪
跑一个简单的测试脚本，确保两边都能调用：
# Kraken2 测试
kraken2 --version
# 预期输出 Kraken2 version x.y.z
# Centrifuge 测试
centrifuge --version
# 预期输出 centrifuge-class ...
# 如果报错缺少libboost，说明动态链接库没找到，用 ldd 查一下再测试一下数据库下载和解压：
mkdir -p ~/test_env
cd ~/test_env
# 模拟一个极小数据库（实际不要用这个）
wget -c https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/minikraken2_v1_8GB_202003.tgz
tar -xzf minikraken2_v1_8GB_202003.tgz
# 如果能正常解压，说明zstd/tar没问题嗯，到这里你的环境就算搭建完毕了。后面第3章我们会分别跑一个小测试数据集，确保两个软件真的能用。但今天先确保基础稳扎稳打。