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宏基因组物种丰度可视化入门教程

共计 30 章节
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01
宏基因组学与物种丰度概览
宏基因组学与物种丰度概览 · 核心概念 · 实践要点
宏基因组学物种丰度概览
02
物种丰度数据来源
16S rRNA · 宏基因组测序
物种丰度数据来源rRNA
03
常用生物信息学流程
QIIME2 · MOTHUR等
常用生物信息学流…QIIME2
04
物种注释与分类单元（OTU/ASV）
物种注释与分类单元（OTU/ASV） · 核心概念 · 实践要点
OTU/ASV物种注释
05
丰度矩阵的生成与格式
丰度矩阵的生成与格式 · 核心概念 · 实践要点
丰度矩阵的生成格式
06
数据预处理
归一化 · 标准化
数据预处理归一化
07
相对丰度与绝对丰度
相对丰度与绝对丰度 · 核心概念 · 实践要点
相对丰度绝对丰度
08
数据质量控制和过滤
数据质量控制和过滤 · 核心概念 · 实践要点
数据质量控制过滤
09
R语言基础与tidyverse
R语言基础与tidyverse · 核心概念 · 实践要点
tidyverseR语言基础
10
Python基础与pandas
Python基础与pandas · 核心概念 · 实践要点
Pythonpandas
11
堆叠柱状图展示物种组成
堆叠柱状图展示物种组成 · 核心概念 · 实践要点
堆叠柱状图展示物…重点
12
分组堆叠柱状图与百分比堆积
分组堆叠柱状图与百分比堆积 · 核心概念 · 实践要点
分组堆叠柱状图百分比堆积
13
热图（heatmap）绘制物种丰度
热图（heatmap）绘制物种丰度 · 核心概念 · 实践要点
heatmap热图
14
聚类热图与注释
聚类热图与注释 · 核心概念 · 实践要点
聚类热图注释
15
圈图（circos图）展示丰度
圈图（circos图）展示丰度 · 核心概念 · 实践要点
circos圈图
16
Krona图交互式可视化
Krona图交互式可视化 · 核心概念 · 实践要点
Krona图交互式可视化
17
箱线图展示物种差异
箱线图展示物种差异 · 核心概念 · 实践要点
箱线图展示物种差…重点
18
小提琴图与蜂群图
小提琴图与蜂群图 · 核心概念 · 实践要点
小提琴图蜂群图
19
主坐标分析（PCoA）与NMDS
主坐标分析（PCoA）与NMDS · 核心概念 · 实践要点
PCoANMDS
20
主成分分析（PCA）在丰度中的应用
主成分分析（PCA）在丰度中的应用 · 核心概念 · 实践要点
PCA主成分分析
21
LEfSe分析及可视化
LEfSe分析及可视化 · 核心概念 · 实践要点
LEfSe分析
22
差异物种火山图
差异物种火山图 · 核心概念 · 实践要点
差异物种火山图重点
23
物种共现网络图
物种共现网络图 · 核心概念 · 实践要点
物种共现网络图重点
24
丰度时序图与趋势分析
丰度时序图与趋势分析 · 核心概念 · 实践要点
丰度时序图趋势分析
25
使用ggplot2定制图表
使用ggplot2定制图表 · 核心概念 · 实践要点
ggplot2使用
26
使用plotly交互式可视化
使用plotly交互式可视化 · 核心概念 · 实践要点
plotly使用
27
使用R的phyloseq包
使用R的phyloseq包 · 核心概念 · 实践要点
phyloseq使用R的
28
使用Python的scikit-bio与biom
使用Python的scikit-bio与… · 核心概念 · 实践要点
Pythonscikit-bio
29
大样本数据的可视化优化
大样本数据的可视化优化 · 核心概念 · 实践要点
大样本数据的可视…重点
30
综合案例
人体肠道微生物组物种丰度可视化
综合案例人体肠道微生物组…