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本课程属于：058-宏基因组物种丰度可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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基于Docker的MetaPhlAn流程部署

共计 30 章节
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01
课程介绍与学习目标
课程概述 · Docker与MetaPhlAn的价… · 适用人群
课程介绍学习目标
02
Docker基础概念
镜像 · 容器 · 仓库
Docker基础概念
03
Docker安装与环境配置
Linux/Windows/macO… · 验证安装
Docker安装
04
Docker核心命令实战
pull · run · ps
Docker核心命令实战
05
Dockerfile编写入门
FROM · RUN · COPY
Dockerfile编写入门
06
Docker数据持久化
卷(volume)与绑定挂载(bin…
Docker数据持久化
07
Docker网络模式
bridge · host · none
Docker网络模式
08
Docker Compose基础
YAML配置 · 多服务编排
DockerCompose
09
MetaPhlAn简介与生物信息学背景
宏基因组物种分析原理
MetaPhlAn简介
10
MetaPhlAn核心算法
标记基因(marker genes)…
MetaPhlAn核心算法
11
获取MetaPhlAn Docker镜像
Docker Hub拉取 · 版本选择
MetaPhlAnDocker
12
第一个MetaPhlAn容器运行
docker run基本用法
MetaPhlAn第一个
13
输入数据准备
FASTQ格式 · 质量控制与预处理概述
输入数据准备FASTQ
14
MetaPhlAn参数详解
--input_type · --bowtie2db · --nproc
MetaPhlAn参数详解
15
MetaPhlAn数据库获取与配置
下载数据库 · Docker卷挂载数据库
MetaPhlAn数据库获取
16
运行MetaPhlAn完整示例
单样本分析命令与输出
MetaPhlAn运行
17
结果解析——profile文件
物种相对丰度表(Taxonomic…
profile结果解析
18
结果解析——biom格式与可视化工具
biom转换 · GraPhlAn · Krona
biom结果解析
19
批量处理多个样本
shell脚本与Docker循环运行
批量处理多个样本shell
20
使用Docker Compose编排MetaPhlAn工作流
多步骤自动化
DockerCompose
21
整合其他分析
HUMAnN2 · Kraken2的Docker化思路
整合其他分析HUMAnN2
22
性能优化
多线程设置 · 内存限制 · 并行处理
性能优化多线程设置
23
常见错误与排错
数据库路径问题 · 内存溢出 · 权限问题
常见错误排错
24
实战案例一
从公共数据库下载样品并分析
实战案例一从公共数据库下载…
25
实战案例二
比较不同环境样本的微生物组组成
实战案例二比较不同环境样本…
26
Docker镜像构建与分享
自定义MetaPhlAn镜像 · 上传到私有仓库
Docker镜像构建
27
持续集成/持续部署(CI/CD)
用GitHub Actions自动构…
CI/CD持续集成
28
生产环境部署
安全 · 日志 · 监控与资源管理
生产环境部署安全
29
结果可视化与报告生成
使用R/ggplot2 · Python/pandas制作图表
结果可视化报告生成
30
课程总结与拓展
MetaPhlAn最新进展 · 其他流行工具推荐
课程总结拓展