第4章：Docker核心命令实战——pull、run、ps、stop、rm、exec、logs
Docker的命令行工具，说白了就是你的“容器遥控器”。刚开始学的时候，我总觉得这些命令又多又杂，背不住。后来我用MetaPhlAn跑过一次完整的流程，才算真正摸透了它们的关系。
嗯，这一章我们就把最核心的七个命令过一遍。每个命令我都结合生物信息学的使用场景来讲，不会只上枯燥的选项列表。你跟着我敲一遍，很快就能上手。
4.1 docker pull——先把镜像拉下来
docker pull 就是把别人做好的镜像从仓库（默认是 Docker Hub）下载到本地。我在项目中遇到过好几次，因为网络不好，pull 到一半断了，结果镜像层文件损坏。后来我养成了一个习惯：先跑 docker pull 看能不能成功，不行就换国内镜像源。
基本用法：
docker pull [OPTIONS] NAME[:TAG|@DIGEST]拉取 MetaPhlAn 的官方镜像：
docker pull biobakery/metaphlan:latest如果需要指定版本（比如 4.0.6）：
docker pull biobakery/metaphlan:4.0.6docker search biobakery/metaphlan 查看有哪些 tag 可用。或者直接去 Docker Hub 网页上搜，更直观。
4.2 docker run——创建并启动容器
docker run 是使用频率最高的命令。从镜像创建容器，然后启动。如果镜像本地没有，它会自动先 pull。
我刚开始用的时候，经常忘记加 --rm 参数，导致用完的容器堆积了一堆，占硬盘空间。后来我养成了习惯：对一次性任务，一定加 --rm。
docker run [OPTIONS] IMAGE [COMMAND] [ARG...]一个典型的 MetaPhlAn 运行命令：
docker run --rm -v /data:/data biobakery/metaphlan:latest metaphlan /data/sample.fastq --input_type fastq --bowtie2db /data/db_v30 --nproc 4 -o /data/profile.txt常用的选项：
| 选项 | 说明 |
|---|---|
--rm |
容器退出后自动删除，避免残留 |
-v / --volume |
挂载宿主机目录到容器内 |
--name |
为容器指定名称，方便后面引用 |
-it |
交互模式 + 分配伪终端，常用于进入容器 |
-d |
后台运行（detach 模式） |
--nproc |
MetaPhlAn 专用参数，指定 CPU 核心数 |
--rm 和 -d 不要同时用。如果后台运行并加了 --rm，容器退出后会自动删除，你连查日志的机会都没有。我曾经因为这个丢过一次运行结果，血的教训。
4.3 docker ps——查看正在运行的容器
想知道现在有哪些容器活着？用 docker ps。默认只显示运行中的容器，加 -a 能看到所有容器（包括已停止的）。
docker ps [OPTIONS]常用的：
# 只看运行中的
docker ps
# 看所有容器
docker ps -a
# 只看最后创建的 5 个
docker ps -a -n 5
# 只显示容器 ID
docker ps -q我个人习惯用 docker ps -a --format "table {{.ID}}\t{{.Image}}\t{{.Status}}\t{{.Names}}" 自定义显示列，一眼就能看出哪些是“僵尸容器”。
4.4 docker stop——优雅地停止容器
docker stop 给容器发送 SIGTERM 信号，让它自己清理后再退出。如果超时（默认10秒）还没停，会强制 SIGKILL。我建议不要用 docker kill 替代，除非容器真卡死了。
docker stop [容器ID或名称]例子：
docker stop my_metaphlan_container停止多个：
docker stop container1 container2 container3docker stop $(docker ps -q)。但慎用，生产环境别这么干。
4.5 docker rm——删除容器
docker rm 删除已停止的容器。如果想强制删除正在运行的，加 -f（相当于先 stop 再 rm）。
docker rm [容器ID或名称]例子：
# 删除一个
docker rm old_container
# 强制删除运行中的
docker rm -f running_container
# 清理所有已停止的容器
docker container prune我建议大家每隔一段时间跑一次 docker container prune，它能清理掉所有已停止的容器，释放磁盘空间。不会误删正在运行的。
4.6 docker exec——进入正在运行的容器
容器已经跑起来了，你想进去看一眼：文件结构对不对？数据库有没有挂载成功？这时候用 docker exec。
docker exec [OPTIONS] CONTAINER COMMAND [ARG...]最常见的用法：
docker exec -it my_container bash如果容器里没有 bash，可以试试 sh：
docker exec -it my_container sh在 MetaPhlAn 场景里，我经常用 exec 进容器检查数据库路径：
docker exec -it metaphlan_container ls /data/db_v30/-it 要一起用，-i 保持 STDIN 打开，-t 分配伪终端。少一个你可能看不到命令提示符，或者输入不进去。
4.7 docker logs——看容器的输出
MetaPhlAn 跑了一个小时，想知道进度？或者跑完后想看程序输出的结果？docker logs 就派上用场了。
docker logs [OPTIONS] CONTAINER常用参数：
-f（--follow）：实时跟踪日志输出，类似tail -f--tail N：只显示最后 N 行-t（--timestamps）：显示时间戳
例子：
# 查看全部日志
docker logs long_running_container
# 实时跟踪最新输出
docker logs -f metaphlan_job
# 只看最后 50 行
docker logs --tail 50 metaphlan_job我曾遇到过一次容器启动后马上退出，什么输出都没有。后来我发现是 docker logs 默认只显示标准输出（stdout），而程序输出写到了 stderr。这时加个参数就好了：
docker logs --tail 50 metaphlan_job 2>&1命令之间的关系
我把这几个命令串成一个完整的生命周期图。你看一遍就明白了：
从图中可以看到，docker pull 是前置准备，docker run 是核心入口，运行后可以用 docker ps 查看状态，用 docker exec 进入调试，用 docker logs 查看输出，最终用 docker stop 结束、docker rm 清理。每一步都有它的用处。