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本课程属于：057-RNA-seq差异表达可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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RNA-seq质控图表绘制教程

共计 30 章节
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01
课程导论
RNA-seq质控的意义 · 常见质控指标 · 图表在质控中的作用
课程导论RNA-seq
02
环境配置
安装Python · R · FastQC
环境配置Python
03
数据获取与准备
下载公开RNA-seq数据（FAST… · 理解测序质量编码体系
数据获取准备
04
FastQC基础
FastQC运行参数 · 单端/双端数据输入 · 生成HTML报告
FastQC运行参数
05
FastQC结果解读
Per Base Sequence… · Per Sequence Quali…
FastQC结果解读
06
FastQC进阶解读
Per Base N Content · Sequence Duplicati…
FastQC进阶解读
07
FastQC高级解读
Overrepresented Se… · Adapter Content · Kmer Content
FastQC高级解读
08
MultiQC基础
MultiQC安装与运行 · 聚合多个FastQC报告
MultiQC安装
09
MultiQC图表解读
所有样本质控指标一览 · 颜色编码与交互筛选
MultiQC图表解读
10
质控前处理
Trimmomatic原理 · 参数选择（ILLUMINACLIP · LEADING
质控前处理Trimmomatic
11
Trimmomatic实战
双端数据过滤 · 生成洁净FASTQ · 日志解析
Trimmomatic双端数据过滤
12
基于Python的碱基质量分布图
使用matplotlib绘制箱线图 · 颜色映射
Python基于
13
基于Python的GC含量分布图
直方图与密度曲线 · 与理论分布对比
PythonGC
14
基于Python的N（未识别碱基）含量图
沿read位置分布 · 阈值高亮
Python基于
15
基于Python的序列长度分布图
频率直方图 · 适配不同文库类型
Python基于
16
基于R的FastQC结果可视化
使用ggplot2重绘碱基质量热图 · 自定义主题
FastQC基于R的
17
基于R的接头污染检测图
折线图展示接头序列出现频率 · 清洗效果对比
基于R的接头污染…折线图展示接头序…
18
基于R的重复序列丰度图
堆积柱状图展示Duplicate L…
基于R的重复序列…Duplicate
19
比对率质控图
使用samtools统计比对率 · 条形图展示样本间差异
比对率质控图samtools
20
基因覆盖均匀性图
使用RSeQC的geneBody_c… · Python绘制
基因覆盖均匀性图RSeQC
21
转录本表达丰度分布图
FPKM/TPM密度图 · 鉴定低表达基因阈值
转录本表达丰度分…FPKM/TPM
22
样本间相关性热图
使用seaborn绘制Spearma… · 聚类
样本间相关性热图seaborn
23
PCA降维质控图
使用scikit-learn进行PC… · Biplot展示组间分离
PCA降维质控图
24
样本间距离质控图
基于欧氏距离的层次聚类 · 树状图与热图融合
样本间距离质控图基于欧氏距离的层…
25
批次效应检测图
使用eggert+Umap可视化潜在… · 颜色标记处理组
批次效应检测图eggert+Umap
26
差异表达前质控图
绘制MA图 · 火山图 · 检查原始counts分布
差异表达前质控图MA
27
清洗前后对比图
同一指标（如碱基质量 · GC含量）before/after双…
清洗前后对比图同一指标
28
自动质控报告生成
使用Jupyter Notebook…
自动质控报告生成Jupyter
29
实战项目-公共数据质控
下载GEO数据集（如GSE12345… · 完整质控流程并产出报告
实战项目公共数据质控
30
课程总结
常见质控陷阱 · 最佳实践 · 扩展资源推荐
课程总结常见质控陷阱