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DESeq2与edgeR差异可视化对比教程

共计 30 章节
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01
差异表达分析概述
RNA-seq数据分析流程 · 差异表达分析的目的与应用场景
差异表达分析概述RNA-seq
02
DESeq2与edgeR核心原理对比
负二项分布模型 · 标准化方法（median-of-ra… · 统计检验策略
DESeq2edgeR
03
数据准备
表达矩阵构建 · 样本分组信息 · 基因注释文件
数据准备表达矩阵构建
04
DESeq2运行与结果提取
DESeqDataSet对象创建 · 差异分析流程 · 结果表（log2FC
DESeq2运行
05
edgeR运行与结果提取
DGEList对象创建 · 估计离散度 · exactTest或glmQLFTe…
edgeR运行
06
结果文件解析
比较DESeq2与edgeR的输出列… · 过滤策略 · 常见差异基因数对比
结果文件解析DESeq2
07
火山图对比（基础版）
使用ggplot2绘制DESeq2与… · 设置阈值（padj1）
火山图对比基础版
08
火山图对比（增强版）
叠加两个工具的显著基因 · 颜色区分共同/特异基因
火山图对比增强版
09
MA图对比
MA图原理 · DESeq2与edgeR各绘制一张M… · 标注差异基因分布
MA图对比
10
热图对比（差异基因）
基于标准化表达值的heatmap · 展示DESeq2与edgeR各自To…
热图对比差异基因
11
PCA图对比
主成分分析 · 样本聚类可视化 · 比较两种工具标准化后的PCA差异
PCA图对比
12
箱线图对比
各样本表达分布箱线图 · 比较DESeq2与edgeR归一化后…
箱线图对比各样本表达分布箱…
13
小提琴图对比
小提琴图展示两组间表达密度 · 对比两种工具识别的差异基因表达模式
小提琴图对比小提琴图展示两组…
14
聚类树状图
样本层次聚类 · 比较DESeq2与edgeR的样本分…
聚类树状图样本层次聚类
15
Venn图对比
韦恩图展示DESeq2与edgeR的…
Venn图对比
16
散点图对比（log2FC）
DESeq2 vs edgeR的lo… · 加相关系数标注
log2FC散点图对比
17
散点图对比（p值）
负对数p值散点图 · 检验统计量相关性
散点图对比p值
18
相关性热图
多个基因在两个工具中的log2FC相…
相关性热图log2FC
19
元基因分析
平均表达谱（metagene pro… · 展示两组工具的一致性
元基因分析metagene
20
GO富集分析对比
基于差异基因的GO富集气泡图 · 比较两种工具富集通路重叠
GO富集分析对比
21
KEGG通路富集对比
KEGG通路富集结果点图 · 对比显著性一致性与特异性
KEGG通路富集对比
22
灵敏度与特异度分析
使用已知真值（模拟或 spike-i…
灵敏度特异度分析
23
模拟数据对比
通过splat或powsimR生成模… · 比较DESeq2与edgeR的ROC…
模拟数据对比splat
24
批处理效应的影响
比较两工具在含有批次效应数据上的表现…
批处理效应的影响比较两工具
25
样本量影响
小样本（n=2 · vs大样本下DESeq2与edgeR…
样本量影响小样本
26
不同归一化方法效果
单独对比median-of-rati…
不同归一化方法效…median-of-ra…
27
可视化包对比
使用pheatmap · ComplexHeatmap · EnhancedVolcano
可视化包对比pheatmap
28
交互式可视化
利用plotly · shiny构建交互式散点图 · 实时标记共同/特异基因
交互式可视化plotly
29
多组比较与可视化
三组及以上设计时 · 两工具的结果对比及热图 · 网络图的综合展示
多组比较可视化
30
总结与最佳实践
如何根据数据特征选择工具 · 可视化报告生成（R Markdown… · 常见坑点与建议
最佳实践如何根据数据特征…