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DGL框架药物图神经网络实践

共计 30 章节
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01
图神经网络概述与药物发现应用
介绍图神经网络基本概念及其在药物发现…
图神经网络概述药物发现应用
02
DGL框架简介与安装配置
DGL框架的安装 · 环境配置与基本使用流程
DGL框架简介
03
图的基本概念与DGL中的图表示
节点 · 边 · 邻接矩阵
DGL图的基本概念
04
创建和操作DGL图对象
使用dgl.graph · dgl.heterograph等AP…
DGL创建
05
节点特征与边特征的定义
为图赋予特征张量 · 特征存储与批量处理
节点特征边特征的定义
06
DGL中的数据加载器与批处理
dgl.dataloading.Da… · GraphDataLoader
DGL数据加载器
07
药物分子图构建
从SMILES到图 · 构造原子/键特征图
药物分子图构建SMILES
08
分子图数据集处理
ZINC · MoleculeNet等数据集加载与…
分子图数据集处理ZINC
09
图神经网络基础
消息传递机制：消息函数 · 聚合函数 · 更新函数
图神经网络基础消息传递机制
10
DGL中实现GCN（图卷积网络）
GCN层定义 · 堆叠与训练
DGLGCN
11
DGL中实现GAT（图注意力机制）
多头注意力实现 · 注意力系数计算
DGLGAT
12
图同构网络（GIN）原理与实现
多层感知机聚合 · 等变特性
GIN图同构网络
13
图池化操作
全局平均池化 · 求和池化 · SortPool
图池化操作全局平均池化
14
图分类任务实战
分子毒性预测（Tox21数据集）
图分类任务实战Tox21
15
图回归任务实战
药物溶解度预测（ESOL数据集）
图回归任务实战ESOL
16
节点分类任务
蛋白质功能预测（PPI数据集）
节点分类任务PPI
17
边预测任务
药物-靶标相互作用预测（DrugBa…
边预测任务DrugBa
18
分子性质预测
logP · QED · 药物相似性评分
分子性质预测logP
19
图生成模型基础
VAE与GAN在图生成中的应用
图生成模型基础VAE
20
DGL中的图生成模型实现
基于DGL的分子生成器
DGL图生成模型实现
21
分子优化
基于图的强化学习方法（GCPN · MolDQN）
分子优化GCPN
22
图迁移学习在药物发现中的应用
预训练分子表征微调
图迁移学习药物发现
23
图神经网络可解释性
GNNExplainer · 注意力权重可视化
图神经网络可解释…GNNExplainer
24
大规模图训练技巧
mini-batch采样（Neigh… · ClusterSampler）
大规模图训练技巧mini-batch
25
异构图神经网络
DGL中的HeteroGraph · 药物组合预测
异构图神经网络DGL
26
时间图网络
动态药物反应建模（Temporal…
时间图网络Temporal
27
图对比学习
InfoNCE · GraphCL在分子表征中的应用
图对比学习InfoNCE
28
模型部署
DGL模型导出为TorchScrip… · ONNX推理
模型部署DGL
29
项目实战
基于DGL的分子性质预测系统设计与实…
项目实战DGL
30
总结与前沿展望
几何图神经网络 · 蛋白质-配体结合预测 · AI制药趋势
前沿展望几何图神经网络