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靶点特征学习在药物KG中的应用

共计 30 章节
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01
课程导论
药物知识图谱概述 · 靶点特征学习的意义与研究背景
课程导论药物知识图谱概述
02
药物靶点基础知识
靶点类型（蛋白质 · 基因 · 酶等）
药物靶点基础知识靶点类型
03
知识图谱基础
实体 · 关系 · 三元组及其在图数据库中的表示
知识图谱基础实体
04
药物知识图谱构建
主流数据源（DrugBank · UniProt · String等）
药物知识图谱构建DrugBank
05
知识图谱表示学习入门
TransE模型的原理 · 训练与局限性
知识图谱表示学习…TransE
06
靶点特征学习概述
与传统基于序列/结构的特征提取对比 · 为何需要图表示
靶点特征学习概述传统基于序列
07
基于图卷积网络（GCN）的靶点特征学习
从节点聚合到嵌入生成
GCN基于图卷积网络
08
图注意力网络（GAT）在药物KG中的应用
注意力机制如何突出关键靶点邻居
GATKG
09
基于路径的特征学习
Meta-Path算法与PathSi…
基于路径的特征学…Meta-Path
10
基于语义匹配的特征学习
ComplEx · ConvE等模型处理复杂关系
基于语义匹配的特…ComplEx
11
靶点嵌入技术
将靶点节点映射到低维连续向量空间 · 可视化分析
靶点嵌入技术将靶点节点映射到…
12
药物-靶点相互作用预测
链接预测任务 · 负采样策略与评估指标
药物靶点相互作用预测
13
异构图表示学习
处理不同节点类型（药物 · 靶点 · 疾病等）与关系
异构图表示学习处理不同节点类型
14
时间动态靶点特征
时序知识图谱（tKG）中的靶点演化表…
时间动态靶点特征tKG
15
多模态靶点特征融合
整合氨基酸序列 · 3D结构 · 基因表达等多源数据
多模态靶点特征融…整合氨基酸序列
16
预训练语言模型在药物KG中的应用
BioBERT · PubMedBERT的知识增强
KG预训练语言模型
17
对比学习在靶点特征中的应用
SimCLR · GRACE等框架进行自监督预训练
对比学习靶点特征
18
自监督学习策略
属性掩码 · 关系预测等任务从KG中学习通用特征
自监督学习策略属性掩码
19
迁移学习
从通用知识图谱（如Freebase）…
迁移学习Freebase
20
图注意力机制进阶
多头注意力 · 边注意力 · 结构感知注意力
图注意力机制进阶多头注意力
21
基于Transformer的靶点特征学习
Graphormer · TokenGT等架构
Transformer基于
22
知识图谱增强的靶点特征
利用外部知识库（如KEGG · GO）丰富表示
知识图谱增强的靶…KEGG
23
靶点特征的可解释性
注意力权重可视化 · 子图解释方法
靶点特征的可解释…注意力权重可视化
24
应用一
药物重定位——基于靶点特征的已有药物…
应用一药物重定位
25
应用二
药物副作用预测——结合靶点特征与药物…
应用二药物副作用预测
26
应用三
新靶点发现——从KG中挖掘潜在药物靶…
应用三KG
27
大规模学习策略
邻居采样（GraphSAGE） · 分布式训练（DGL/ PyG）
大规模学习策略GraphSAGE
28
模型评估与基准数据集
DTI数据集（Davis · KIBA等） · 标准化评测流程
模型评估基准数据集
29
实践项目
搭建一个基于GNN的药物-靶点预测系… · 从数据准备到结果分析
实践项目GNN
30
前沿进展与未来方向
最新模型（如Knowledge-Aw… · Large-Scale KGE） · 多药理学挑战
前沿进展未来方向