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生物信息学与 AI 制药工程
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053-药物知识图谱特征学习任务
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《药物相似性计算图谱特征应用教程》
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药物相似性计算图谱特征应用教程
共计 30 章节
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01
药物相似性概述
定义 · 应用场景与挑战
药物相似性概述
定义
02
分子指纹简介
MACCS · ECFP · FCFP等常见指纹
分子指纹简介
MACCS
03
分子相似性度量
Tanimoto系数 · Dice系数 · 余弦相似度
分子相似性度量
Tanimoto
04
基于分子指纹的药物相似性计算实践(RDKit)
基于分子指纹的药物相似性计算实践(RDK… · 核心概念 · 实践要点
RDKit
基于分子指纹的药…
05
分子图表示
原子 · 键与图的构建
分子图表示
原子
06
图论基础
节点 · 边 · 邻接矩阵与图性质
图论基础
节点
07
分子图特征提取
原子特征 · 键特征与全局特征
分子图特征提取
原子特征
08
图神经网络入门
GCN · GAT · GraphSAGE
图神经网络入门
GCN
09
基于GCN的分子性质预测
基于GCN的分子性质预测 · 核心概念 · 实践要点
GCN
基于
10
基于GAT的分子相互作用预测
基于GAT的分子相互作用预测 · 核心概念 · 实践要点
GAT
基于
11
消息传递神经网络(MPNN)原理与实现
消息传递神经网络(MPNN)原理与实现 · 核心概念 · 实践要点
MPNN
消息传递神经网络
12
药物-靶标相互作用(DTI)预测中的图方法
药物-靶标相互作用(DTI)预测中的图方… · 核心概念 · 实践要点
DTI
药物
13
药物相似性网络构建
药物-药物相似性矩阵
药物相似性网络构…
药物
14
药物-靶标网络
二分图与推荐系统
药物
靶标网络
15
知识图谱在药物发现中的应用
DrugBank · ChEMBL
知识图谱
药物发现
16
基于知识图谱的药物相似性推理
基于知识图谱的药物相似性推理 · 核心概念 · 实践要点
基于知识图谱的药…
重点
17
图嵌入方法
Node2Vec · DeepWalk · TransE
图嵌入方法
Node2Vec
18
药物分子图的自监督学习
预训练策略
药物分子图的自监…
预训练策略
19
对比学习在分子相似性中的应用
对比学习在分子相似性中的应用 · 核心概念 · 实践要点
对比学习
分子相似性
20
多模态药物相似性
结构 · 靶标 · 适应症融合
多模态药物相似性
结构
21
图注意力机制与药物相似性解释
图注意力机制与药物相似性解释 · 核心概念 · 实践要点
图注意力机制
药物相似性解释
22
大规模药物相似性计算
索引与近似最近邻搜索
大规模药物相似性…
索引
23
药物重定位中的相似性图谱方法
药物重定位中的相似性图谱方法 · 核心概念 · 实践要点
药物重定位
相似性图谱方法
24
药物组合预测中的图神经网络
药物组合预测中的图神经网络 · 核心概念 · 实践要点
药物组合预测
图神经网络
25
药物-药物相互作用预测
基于图谱特征的方法
药物
药物相互作用预测
26
图相似性学习
图匹配 · 图核与图编辑距离
图相似性学习
图匹配
27
分子生成中的相似性控制
基于图的条件生成
分子生成
相似性控制
28
药物相似性计算的评估指标与基准数据集
药物相似性计算的评估指标与基准数据集 · 核心概念 · 实践要点
药物相似性计算的…
基准数据集
29
案例实战
构建药物相似性搜索系统
案例实战
构建药物相似性搜…
30
前沿进展
图Transformer · 几何深度学习与未来展望
前沿进展
Transformer
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