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使用Docker复现宏基因组分析流程

共计 30 章节
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01
宏基因组与Docker概述
宏基因组与Docker概述 · 核心概念 · 实践要点
Docker宏基因组
02
Docker基础
安装与配置
Docker安装
03
Docker常用命令与镜像管理
Docker常用命令与镜像管理 · 核心概念 · 实践要点
Docker常用命令
04
Dockerfile编写基础
Dockerfile编写基础 · 核心概念 · 实践要点
Dockerfile编写基础
05
创建宏基因组分析专用Docker镜像
创建宏基因组分析专用Docker镜像 · 核心概念 · 实践要点
Docker创建宏基因组分析…
06
数据获取
SRA数据库与下载工具
数据获取SRA
07
原始数据质量控制
FastQC与MultiQC
原始数据质量控制FastQC
08
数据预处理
Trimmomatic/BBTool…
数据预处理Trimmomatic/…
09
宿主污染去除
Bowtie2/BWA
宿主污染去除Bowtie2/BWA
10
组装
MEGAHIT/SPAdes
组装MEGAHIT/SPAd…
11
基因预测
Prodigal
基因预测Prodigal
12
非冗余基因集构建
CD-HIT
非冗余基因集构建CD-HIT
13
物种注释
Kraken2
物种注释Kraken2
14
Kraken2数据库构建与使用
Kraken2数据库构建与使用 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2数据库构建
15
Bracken算法与丰度估计
Bracken算法与丰度估计 · 核心概念 · 实践要点
Bracken算法
16
功能注释
HUMAnN
功能注释HUMAnN
17
HUMAnN数据库准备
HUMAnN数据库准备 · 核心概念 · 实践要点
HUMAnN数据库准备
18
MetaPhlAn4物种谱分析
MetaPhlAn4物种谱分析 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn4物种谱分析
19
宏转录组分析流程简介
宏转录组分析流程简介 · 核心概念 · 实践要点
宏转录组分析流程…重点
20
基于Docker Compose多容器编排
基于Docker Compose多容器编… · 核心概念 · 实践要点
DockerCompose
21
流程自动化
Snakemake入门
流程自动化Snakemake
22
在Docker中使用Snakemake
在Docker中使用Snakemake · 核心概念 · 实践要点
DockerSnakemake
23
数据库容器化
bioconda与Docker结合
数据库容器化bioconda
24
结果可视化
Krona图与热图
结果可视化Krona
25
多样性分析
QIIME2（宏基因组模式）
多样性分析QIIME2
26
比较宏基因组
LEfSe分析
比较宏基因组LEfSe
27
流程的批量处理与参数优化
流程的批量处理与参数优化 · 核心概念 · 实践要点
流程的批量处理参数优化
28
容器镜像的发布与分享（Docker Hub）
容器镜像的发布与分享（Docker Hu… · 核心概念 · 实践要点
DockerHub
29
实战
完整流程复现（肠道宏基因组）
完整流程复现肠道宏基因组
30
总结与最佳实践
总结与最佳实践 · 核心概念 · 实践要点
最佳实践总结与最佳实践