第2章 Docker基础：安装与配置

说实话，第一次接触Docker的时候，我也觉得它有点玄乎。什么容器、镜像、仓库，听着像物流公司。但干我们这行的，最头疼的就是环境不一致：你在Ubuntu上跑通的流程，换到CentOS上全崩了。Docker就是来解决这个问题的——把整个分析环境打包，走到哪跑到哪。

这一章我们把基础打牢。我带你一步步装好Docker，配好环境。这可是后续所有分析流程的根基。

2.1 安装前检查

别急着敲命令。先看看你的机器够不够格。这点很重要，我在项目里见过有人折腾半天，结果发现内核版本太老。

uname -r

我个人习惯先确认一下系统是不是64位的。32位系统跑Docker会很吃力，而且很多镜像都不支持。

uname -m

输出 x86_64 或 aarch64 就对了。看到 i686？嗯，你得重装系统了。

2.2 安装Docker Engine

装Docker其实就几步。不同系统命令稍有区别，但核心思路一样。我以Ubuntu为例带你走一遍，CentOS的用户注意看后面的小贴士。

2.2.1 Ubuntu 安装步骤

1. 更新软件包索引

sudo apt update

2. 安装依赖包

sudo apt install -y ca-certificates curl gnupg lsb-release

3. 添加Docker官方GPG密钥

sudo mkdir -p /etc/apt/keyrings
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo gpg --dearmor -o /etc/apt/keyrings/docker.gpg

4. 设置稳定版仓库

echo "deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.gpg] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release -cs) stable" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null

5. 安装Docker Engine

sudo apt update
sudo apt install -y docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-compose-plugin

sudo yum install -y yum-utils
sudo yum-config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo
sudo yum install -y docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-compose-plugin

2.3 配置镜像加速器

国内拉取Docker镜像速度……你懂的。我曾经在项目里等一个宏基因组镜像，硬生生拖了40分钟。后来配了加速器，几分钟就搞定了。

加速器配置很简单。编辑或创建 /etc/docker/daemon.json：

sudo mkdir -p /etc/docker
sudo tee /etc/docker/daemon.json <<-'EOF'
{
  "registry-mirrors": [
    "https://docker.mirrors.ustc.edu.cn",
    "https://hub-mirror.c.163.com"
  ]
}
EOF

配置完了别忘重启Docker：

sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker

为什么用多个镜像地址？说白了，一个挂了你还能用另一个。我在生产环境里碰到过单点故障，从那以后就习惯多配几个备用的。

2.4 非root用户使用docker

每次敲命令都加 sudo，烦不烦？我反正是受不了。而且你想想看，在脚本里还要小心提权问题，很麻烦。

解决办法是把你自己的用户加入 docker 组：

sudo usermod -aG docker $USER

然后退出重新登录，或者执行：

newgrp docker

验证一下：

docker ps

能正常显示列表，说明权限搞定了。

2.5 验证安装

来个经典的 hello-world 测试。虽然这个镜像很小，但它能验证整个Docker环境是否正常工作。

docker run hello-world

正常输出应该类似：

Hello from Docker!
This message shows that your installation appears to be working correctly.
...

看到这段信息，说明Docker已经成功安装并且能正常拉取和运行镜像了。

再检查一下版本信息，确认各个组件都匹配：

docker version

输出会显示Client和Server两部分的版本。我之前遇到过客户端版本和服务端版本不一致，导致有些API调用失败。万一遇到类似情况，先检查版本。

还有，记得确认一下Docker Compose是否装上了：

docker compose version

2.6 本章知识结构

下面这张图帮你理清本章的知识脉络。安装与配置就这些核心点，缺一不可。

这张图的逻辑很直白：从系统检查开始，一步步往下走。每个环节都卡住了就没法往后推进。尤其是镜像加速器这一步，很多人忽略，结果后面拉大型宏基因组镜像时等得抓狂。我建议你装完立刻就配好。

2.7 常见问题与排错

装Docker一般都很顺利，但万一出问题，别慌。我整理了几个高频坑：

• 权限拒绝：加了docker组还报错？退出终端重进一次，或者直接重启系统。
• 无法连接到Docker守护进程：检查服务有没有启动。sudo systemctl status docker 看一下。
• 镜像拉取超时：检查加速器配置有没有生效。docker info | grep -i mirror 看看有没有输出。
• 安装包冲突：旧版本没卸载干净。先 sudo apt remove docker docker-engine docker.io 清干净再装。