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Visium表达矩阵与图像整合方法

共计 30 章节
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01
Visium技术原理
空间转录组学概述 · Visium技术流程 · 基因表达与组织图像的关联
Visium技术原理
02
数据格式与预处理
Visium输出文件（H5 · TIFF · JSON）
数据格式预处理
03
数据读取与可视化
使用Scanpy/Seurat读取V… · 生成空间点图 · 基本可视化
数据读取可视化
04
标准化与归一化
文库大小标准化 · LogNormalize · SCTransform
标准化归一化
05
降维与聚类
PCA · UMAP/t-SNE降维 · Louvain/Leiden聚类
降维聚类
06
差异表达分析
空间差异基因识别 · FindMarkers · Pseudo-bulk方法
差异表达分析空间差异基因识别
07
空间可变基因（SVG）
Moran's I · Geary's C · SPARK
SVG空间可变基因
08
图像处理基础
H&E组织图像读取 · 颜色归一化 · 色彩空间转换（RGB→HSV）
图像处理基础H&E组织图像读…
09
组织分割与配准
基于颜色的组织区域分割 · 图像与基因表达空间对齐
组织分割配准
10
全切片图像（WSI）处理
金字塔格式 · 多分辨率加载 · Tile提取
WSI全切片图像
11
图像特征提取
纹理特征（GLCM） · 形态特征 · 细胞核分割（HoverNet/Sta…
图像特征提取GLCM
12
空间区域注释
通过病理学家标注或聚类结果定义组织区…
空间区域注释通过病理学家标注…
13
空间图构建
基于Spot邻近关系的图网络 · KNN/Delaunay三角剖分
空间图构建Spot
14
空间自相关分析
LISA · 热点分析 · 空间滞后模型
空间自相关分析LISA
15
细胞类型去卷积
CARD · RCTD · SPOTlight
细胞类型去卷积CARD
16
单细胞整合方法
Seurat v5整合 · Harmony · LIGER在空间数据中的应用
单细胞整合方法Seurat
17
多切片整合
空间批次校正 · MIA（Multimodal Int… · StAligner
多切片整合空间批次校正
18
空间轨迹推断
Slingshot · PAGA · STREAM在空间数据中的适配
空间轨迹推断Slingshot
19
细胞间通信分析
CellChat · NicheNet · SpaTalk结合空间信息
细胞间通信分析CellChat
20
基因表达插值与超分辨率
BayesianSPARK · SpaGCN · ST-Net
基因表达插值超分辨率
21
空间聚类区域比较
区域间差异分析 · 富集分析（GO/KEGG）
空间聚类区域比较区域间差异分析
22
空间共定位与邻近分析
Niche clustering · Spot邻近度统计
空间共定位邻近分析
23
图像与转录组的跨模态学习
ST-Net · Hist2ST · ViT模型简介
图像转录组的跨模态学…
24
基于深度学习的空间预测
使用组织图像预测基因表达（ST-Ne…
基于深度学习的空…ST-Ne
25
空间扰动分析
药物处理前后的空间变化 · 扰动响应模式
空间扰动分析药物处理前后的空…
26
多模态整合工具
Giotto · SpatialData · Squidpy综合教程
多模态整合工具Giotto
27
数据存储与格式转换
AnnData · SpatialData（Zarr） · SeuratObject互转
数据存储格式转换
28
结果可视化
空间热图 · 特征图 · 小提琴图
结果可视化空间热图
29
复现与最佳实践
Pipeline搭建（Snakema… · 可重复性检查清单
复现最佳实践
30
前沿进展与挑战
Stereo-seq · MERFISH对比 · 整合中批次效应的未来方向
前沿进展挑战