VIP20
本课程属于：047-空间转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Squidpy空间邻域特征构建方法

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
Squidpy简介与安装
Squidpy库概述 · 应用场景 · 安装配置
Squidpy简介
02
空间转录组数据基础
AnnData数据结构 · 读取10X Visium数据
空间转录组数据基…AnnData
03
空间坐标与组织图像
解析spatial字段 · H&E图像对齐
空间坐标组织图像
04
邻域图概念
空间邻域的定义 · 图论基础（节点 · 边
邻域图概念空间邻域的定义
05
构建邻域图方法
基于kNN的邻域构建（squidpy…
构建邻域图方法kNN
06
基于距离的邻域
半径阈值法 · 不同距离度量（欧氏 · 余弦等）
基于距离的邻域半径阈值法
07
基于组织学特征的邻域
利用图像分割和形态学信息构建邻域
基于组织学特征的…利用图像分割
08
邻域图质量控制
检查连接数分布 · 孤立节点处理 · 图稀疏性
邻域图质量控制检查连接数分布
09
邻域特征计算基础
Moran's I全局空间自相关
邻域特征计算基础Moran
10
局部空间自相关
LISA · Getis-Ord Gi*统计学原理
局部空间自相关LISA
11
空间变量基因识别
基于邻域特征的HVG筛选（squid…
空间变量基因识别HVG
12
邻域富集分析
空间共富集 · 点模式分析（Ripley's K/F…
邻域富集分析空间共富集
13
基于邻域的聚类
空间引导的聚类（mclust · leiden with spatia…
基于邻域的聚类mclust
14
空间域检测
使用squidpy.gr.spati…
空间域检测squidpy.gr.s…
15
邻域特征可视化
网络图绘制 · 空间热图 · 邻接矩阵热图
邻域特征可视化网络图绘制
16
邻域特征与基因表达相关性
单变量/多变量空间回归（SVC · GWR）
邻域特征基因表达相关性
17
多切片整合
邻域在批次校正和整合中的应用（Har… · scVI）
多切片整合Har
18
邻域特征降维
在邻域结构下构建节点嵌入（Node2… · GraphSAGE）
邻域特征降维Node2
19
自定义邻域规则
基于细胞类型 · 基因表达相似性构建邻域
自定义邻域规则基于细胞类型
20
GPU加速邻域计算
使用cuGraph · PyTorch Geometric加…
GPU加速邻域计算
21
邻域特征与临床关联
从邻域特征预测预后 · 药物响应
邻域特征临床关联
22
肿瘤微环境应用
肿瘤-免疫细胞互作 · 三级淋巴结构识别
肿瘤微环境应用肿瘤
23
发育生物学应用
胚层分化区域 · 形态发生梯度检测
发育生物学应用胚层分化区域
24
神经科学应用
脑切片层次结构 · 投射-靶向关系
神经科学应用脑切片层次结构
25
邻域特征统计检验
置换检验 · 空间随机化控制
邻域特征统计检验置换检验
26
大规模数据优化
邻域图采样 · mini-batch处理 · 稀疏化存储
大规模数据优化邻域图采样
27
与R单细胞工具协同
Seurat/SingleCellE…
R单细胞工具协同Seurat/Singl…
28
批量处理与管道化
Snakemake/Nextflow…
批量处理管道化
29
结果解释与报告
自动化生成邻域特征总结报告
结果解释报告
30
综合案例实战
从原始数据到邻域特征驱动的生物学发现
综合案例实战从原始数据到邻域…