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空间转录组特征学习从理论到实践

共计 30 章节
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01
空间转录组学概述
定义 · 发展历程 · 主流技术
空间转录组学概述定义
02
空间转录组数据特点
空间坐标 · 基因表达矩阵 · 稀疏性
空间转录组数据特…空间坐标
03
空间转录组实验设计
样本制备 · 测序流程
空间转录组实验设…样本制备
04
数据获取与格式
常见格式（HDF5 · TIFF · CSV）
数据获取格式
05
空间转录组数据预处理
质量控制（QC） · 过滤低质量斑点
空间转录组数据预…QC
06
归一化与标准化
LogNormalize · SCTransform
归一化标准化
07
批次效应矫正
Harmony · ComBat
批次效应矫正Harmony
08
空间转录组特征提取概念
什么是特征 · 为什么需要学习
空间转录组特征提…什么是特征
09
传统特征提取方法
PCA · NMF
传统特征提取方法PCA
10
基于图神经网络的特征学习
GCN · GAT
基于图神经网络的…GCN
11
基于Transformer的特征学习
ViT · STNet
Transformer基于
12
空间自相关与莫兰指数
理论
空间自相关莫兰指数
13
空间可变基因（SVG）识别
Moran's I · SPARK · SpatialDE
SVG空间可变基因
14
空间域/区域识别
基于聚类的方法（Seurat · BayesSpace）
空间域区域识别
15
空间域识别
基于深度神经网络的方法（stLear… · SpaGCN）
空间域识别stLear
16
空间基因表达插补与增强
DeepImpute · stImpute
空间基因表达插补增强
17
空间转录组与单细胞数据整合
映射方法（CellTrek · Tangram）
空间转录组单细胞数据整合
18
空间转录组特征可视化
UMAP · t-SNE · 空间散点图
空间转录组特征可…UMAP
19
空间转录组与组织病理学结合
H&E染色 · 多模态融合
空间转录组组织病理学结合
20
空间转录组特征评估指标
ARI · NMI · Silhouette
空间转录组特征评…ARI
21
实践环境搭建
Python · R · Conda环境
实践环境搭建Python
22
数据集介绍
10x Visium小鼠脑 · 人类乳腺癌等公开数据
数据集介绍Visium
23
使用Scanpy进行空间转录组数据预处理实践
使用Scanpy进行空间转录组数据预处理… · 核心概念 · 实践要点
Scanpy使用
24
使用Seurat进行空间转录组分析实践（R语言）
使用Seurat进行空间转录组分析实践（… · 核心概念 · 实践要点
Seurat使用
25
使用stLearn进行空间域识别实践
使用stLearn进行空间域识别实践 · 核心概念 · 实践要点
stLearn使用
26
使用SpaGCN进行空间聚类实践
使用SpaGCN进行空间聚类实践 · 核心概念 · 实践要点
SpaGCN使用
27
使用GraphST进行图自编码器特征学习实践
使用GraphST进行图自编码器特征学习… · 核心概念 · 实践要点
GraphST使用
28
空间转录组特征生物学验证
基因本体 · 通路富集
空间转录组特征生…基因本体
29
空间转录组特征在疾病研究中的应用案例
肿瘤微环境
空间转录组特征疾病研究
30
课程总结与展望
最新进展（如MERFISH） · 未来方向
课程总结MERFISH