VIP20
本课程属于：042-单细胞转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

scVI深度模型抵抗批次干扰教程

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
scVI概述
单细胞RNA-seq中的批次效应问题
scVIRNA-seq
02
scVI的数学原理
变分自编码器基础
scVI的数学原理
03
scVI模型架构
编码器与解码器设计
scVI模型架构
04
scVI中的条件变分推断
引入批次标签
scVI条件变分推断
05
scVI的损失函数
ELBO与重建损失
scVI的损失函数
06
scVI的概率模型
负二项分布噪声假设
scVI的概率模型
07
scVI的训练策略
优化器 · 学习率调度
scVI的训练策略
08
scVI的数据预处理
归一化 · 对数变换 · 高变基因选择
scVI的数据预处理
09
使用scvi-tools安装与配置
使用scvi-tools安装与配置 · 核心概念 · 实践要点
scvi-tools使用
10
scVI的Python接口
AnnData对象与模型初始化
scVIPython
11
scVI模型训练
setup_anndata与trai…
scVI模型训练
12
scVI模型保存与加载
scVI模型保存与加载 · 核心概念 · 实践要点
scVI模型保存
13
scVI的批次矫正效果评估
可视化UMAP/t-SNE
scVI的批次矫正效果评…
14
利用scVI进行聚类分析
Leiden聚类
scVI利用
15
scVI的差异表达分析
对比批次间的基因表达
scVI的差异表达分析
16
scVI处理多批次数据的案例
器官图谱数据
scVI处理多批次数据的…
17
scVI与Harmony、ComBat等方法的比较
scVI与Harmony · 核心概念 · 实践要点
scVIHarmony
18
scVI的扩展模型
scANVI（半监督）
scVI的扩展模型
19
scANVI的标签转移与细胞类型注释
scANVI的标签转移与细胞类型注释 · 核心概念 · 实践要点
scANVI的标签转移
20
scVI处理大型数据集
小批量训练与GPU加速
scVI处理大型数据集
21
scVI的迁移学习
在独立数据集上的应用
scVI的迁移学习
22
scVI的可解释性
潜在空间分析
scVI的可解释性
23
scVI的参数调优
隐藏层大小 · 潜在维度
scVI的参数调优
24
scVI的模型诊断
ELBO曲线 · 重建质量
scVI的模型诊断
25
scVI与空间转录组数据整合
scVI与空间转录组数据整合 · 核心概念 · 实践要点
scVI空间转录组数据整…
26
scVI在多模态数据中的应用
CITE-seq
scVI多模态数据
27
scVI的批处理效应模拟与验证
scVI的批处理效应模拟与验证 · 核心概念 · 实践要点
scVI的批处理效应模拟
28
scVI的局限性及应对策略
scVI的局限性及应对策略 · 核心概念 · 实践要点
scVI的局限性
29
scVI在药物响应预测中的应用
scVI在药物响应预测中的应用 · 核心概念 · 实践要点
scVI药物响应预测
30
scVI未来发展方向
Foundation模型等
scVI未来发展方向