VIP20

本课程属于：042-单细胞转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

Snakemake搭建可重复分析流程

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

Snakemake概述

Snakemake简介 · 可重复性重要性 · 工作流管理工具对比

Snakemake简介

安装与配置

Snakemake安装 · Python环境设置 · 验证安装

Snakefile · 规则定义 · 输入输出声明

基本语法Snakefile

第一个工作流

编写简单规则 · 运行Snakemake · 查看输出

第一个工作流编写简单规则

通配符与占位符

通配符概念 · {sample}模式 · 多文件处理

通配符占位符

规则依赖与DAG

规则顺序 · 自动依赖解析 · 可视化DAG

DAG规则依赖

参数化配置

config文件使用 · YAML格式 · 动态参数

参数化配置config

多输入多输出

多个输入文件 · 多个输出文件 · 生产模式

多输入多输出多个输入文件

glob与模式匹配

glob函数 · 通配符匹配 · 批量处理

glob模式匹配

规则条件判断 · if语句 · 选择性运行

条件执行规则条件判断

错误处理与重试

规则失败处理 · retry机制 · 日志记录

错误处理重试

日志与调试

日志配置 · Snakemake调试模式 · 查看错误信息

Shell命令使用 · Python代码嵌入 · run指令

内联代码Shell

调用外部脚本

运行R脚本 · Python脚本 · Bash脚本

调用外部脚本运行R脚本

Conda环境创建 · 环境指定 · 可重复性

环境管理Conda

使用Singularity容器

容器化工作流 · 定义镜像 · 兼容性

Singularity使用

SLURM配置 · 提交命令 · 资源请求

集群执行SLURM

PBS · SGE等调度器配置

作业调度PBS

并行与资源控制

线程数 · 内存限制 · 并行规则

并行资源控制

临时文件与清理

temp文件 · 保护文件 · 磁盘管理

临时文件清理

benchmark规则 · 性能分析 · 优化建议

基准测试benchmark

Snakemake报告功能 · HTML报告 · 结果展示

报告生成Snakemake

checkpoint机制

动态生成目标 · 中间检查点

checkpoint机制

模块化设计

子工作流 · include语句 · 复用规则

模块化设计子工作流

测试与验证

单元测试 · 模拟运行 · 校验结果

Git与工作流 · 追踪更改 · 协作

版本控制Git

RNA-seq定量分析流程

实战案例1RNA-seq

变异检测流程

实战案例2变异检测流程

缓存 · 增量构建 · 高效写法

性能优化缓存

总结与进阶

最佳实践 · 社区资源 · 未来方向

进阶最佳实践