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Seurat标准流程：从原始数据到聚类

共计 30 章节
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01
单细胞RNA-seq分析概述与Seurat简介
单细胞RNA-seq分析概述与Seura… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seqSeurat
02
Seurat安装与R环境配置
Seurat安装与R环境配置 · 核心概念 · 实践要点
Seurat安装
03
单细胞数据格式介绍（10X Genomics、h5、mtx等）
单细胞数据格式介绍（10X Genomi… · 核心概念 · 实践要点
Genomicsh5
04
读取数据
CreateSeuratObject
读取数据CreateSeurat…
05
数据质量控制（QC）
线粒体基因比例 · 基因数 · UMI数
QC数据质量控制
06
QC指标可视化
小提琴图 · 散点图
QC指标可视化
07
过滤细胞
基于QC阈值
过滤细胞QC
08
标准化
NormalizeData
标准化NormalizeDat…
09
识别高度可变基因
FindVariableFeatur…
识别高度可变基因FindVariable…
10
数据缩放
ScaleData
数据缩放ScaleData
11
主成分分析（PCA）
RunPCA
PCA主成分分析
12
PCA结果评估
ElbowPlot · DimHeatmap
PCA结果评估
13
确定维度
选择主成分数
确定维度选择主成分数
14
聚类
FindNeighbors与Find…
聚类FindNeighbor…
15
聚类分辨率调参
聚类分辨率调参 · 核心概念 · 实践要点
聚类分辨率调参重点
16
非线性降维
UMAP（RunUMAP）
非线性降维UMAP
17
降维结果可视化
DimPlot
降维结果可视化DimPlot
18
差异表达分析
FindAllMarkers
差异表达分析FindAllMarke…
19
标记物基因可视化
FeaturePlot · VlnPlot · DotPlot
标记物基因可视化FeaturePlot
20
细胞类型注释
基于已知标记物
细胞类型注释基于已知标记物
21
自动注释与数据库参考
自动注释与数据库参考 · 核心概念 · 实践要点
自动注释数据库参考
22
细胞周期评分与回归
细胞周期评分与回归 · 核心概念 · 实践要点
细胞周期评分回归
23
批次效应校正简介（Harmony、CCA等）
批次效应校正简介（Harmony · 核心概念 · 实践要点
HarmonyCCA
24
整合多个样本
FindIntegrationAnc…
整合多个样本FindIntegrat…
25
数据整合后的下游分析
数据整合后的下游分析 · 核心概念 · 实践要点
数据整合后的下游…重点
26
基因集富集分析（如GSEA）与Seurat
基因集富集分析（如GSEA）与Seura… · 核心概念 · 实践要点
GSEASeurat
27
细胞亚群再聚类（subclustering）
细胞亚群再聚类（subclusterin… · 核心概念 · 实践要点
subclusterin…细胞亚群再聚类
28
轨迹分析与Seurat（monocle等衔接）
轨迹分析与Seurat（monocle等… · 核心概念 · 实践要点
Seuratmonocle
29
结果导出与报告生成
结果导出与报告生成 · 核心概念 · 实践要点
结果导出报告生成
30
常见问题与Debug
常见问题与Debug · 核心概念 · 实践要点
Debug常见问题