VIP20

本课程属于：042-单细胞转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

Seurat数据标准化实战指南

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

单细胞RNA-seq简介 · Seurat包概述 · 安装Seurat及依赖

读取10X Genomics数据 · 创建Seurat对象 · 数据格式检查

数据准备Genomics

计算线粒体/核糖体比例 · 过滤低质量细胞 · 过滤双细胞

质量控制计算线粒体

标准化基础

为何需要标准化 · 标准化与归一化的区别 · Seurat标准化流程概览

标准化基础为何需要标准化

LogNormalize方法

原理讲解 · 使用NormalizeData函数 · 参数设置

LogNormalize原理讲解

SCTransform方法

正则化负二项回归模型 · SCTransform函数 · 与LogNormalize对比

SCTransform正则化负二项回归…

中心化对数比(CLR)和相对计数(R… · 适用场景

自定义标准化

手动编写标准化函数 · 修改Seurat内部标准化步骤

自定义标准化手动编写标准化函…

归一化比例因子

设置scale.factor参数 · 影响分析 · 实际建议

归一化比例因子scale.factor

变量基因选择

FindVariableFeatur… · 选择方法(vst/mean.var.…

变量基因选择FindVariable…

主成分分析(PCA)

RunPCA函数 · 确定主成分数量 · ElbowPlot

PCA主成分分析

批次效应校正

Harmony · CCA · RPCA方法

批次效应校正Harmony

FindNeighbors · FindClusters函数 · 分辨率参数调优

聚类分析FindNeighbor…

RunUMAP函数 · 降维参数设置 · 聚类结果展示

标记物鉴定

FindAllMarkers函数 · 筛选标准 · 热图可视化

标记物鉴定FindAllMarke…

细胞类型注释

手动注释与自动注释 · SingleR集成 · 参考数据库使用

细胞类型注释手动注释

标准化后的差异表达

比较不同标准化方法对差异基因检测的影…

标准化后的差异表…比较不同标准化方…

基因表达可视化

FeaturePlot · VlnPlot · DotPlot

基因表达可视化FeaturePlot

细胞周期得分

CellCycleScoring函数 · 去除细胞周期效应

细胞周期得分CellCycleSco…

代谢通路的标准化

通过AddModuleScore评估…

代谢通路的标准化AddModuleSco…

合并多个样本时的标准化策略 · SplitObject与整合

数据整合合并多个样本时的…

FindTransferAnchor… · MapQuery函数 · 利用参考数据集标准化

参考映射FindTransfer…

正则化与权重

正则化参数的影响 · 权重调整 · 实际案例

正则化权重

稀疏矩阵处理

Seurat中稀疏矩阵的存储 · 内存优化 · 标准化效率

稀疏矩阵处理Seurat

双细胞检测

DoubletFinder与Scru… · 标准化前/后检测差异

双细胞检测DoubletFinde…

标准化后数据导出

获取标准化矩阵 · 写入CSV/10X格式 · 与下游工具对接

标准化后数据导出获取标准化矩阵

多线程并行 · 使用future包加速 · 大数据集建议

性能调优多线程并行

常见错误与调试

报错信息解析 · 数据格式问题 · 版本兼容性

常见错误调试

实战案例一

PBMC数据标准化全流程（从raw到…

实战案例一PBMC

实战案例二

鼠脑数据标准化与细胞类型鉴定（含批次…

实战案例二鼠脑数据标准化