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Scanpy聚类与细胞注释全流程

共计 30 章节
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01
Scanpy简介
Scanpy发展历史 · 主要功能 · 与Seurat等工具的对比
Scanpy简介
02
环境搭建
conda创建虚拟环境 · Scanpy及依赖库安装 · GPU支持
环境搭建conda
03
单细胞数据格式
10X Genomics格式（mtx… · H5AD · h5
单细胞数据格式Genomics
04
读取数据
scanpy.read_10x_mt… · read_h5ad · read_csv及参数详解
读取数据scanpy.read
05
数据预处理流程概览
从原始数据到聚类前的标准步骤
数据预处理流程概…从原始数据到聚类…
06
质量控制（QC）
基因数 · UMI数 · 线粒体/核糖体基因比例的统计与可视化
QC质量控制
07
细胞过滤
根据QC指标过滤低质量细胞及双胞胎检…
细胞过滤QC
08
数据归一化
总计数归一化与log1p变换及其原理
数据归一化log1p
09
高变基因选择
seurat_v3 · seurat · CV等策略及参数调优
高变基因选择seurat
10
数据缩放与PCA
sc.pp.scale · sc.tl.pca及主成分选择
PCA数据缩放
11
批次效应矫正
Harmony · BBKNN · scVI
批次效应矫正Harmony
12
邻居图构建
sc.pp.neighbors参数（… · n_pcs）及距离度量
邻居图构建sc.pp.neighb…
13
UMAP降维可视化
sc.tl.umap参数详解（min… · spread等）
UMAP降维可视化
14
聚类算法
Leiden与Louvain算法对比 · 分辨率选择策略
聚类算法Leiden
15
聚类结果可视化
sc.pl.umap填充聚类标签 · treeplot展示层次
聚类结果可视化sc.pl.umap
16
标记基因寻找
sc.tl.rank_genes_g… · wilcoxon · logistic等
标记基因寻找sc.tl.rank
17
标记基因可视化
热图 · 小提琴图 · 点图
标记基因可视化热图
18
细胞自动注释
基于Garnett · scType · CellTypist
细胞自动注释Garnett
19
手动注释
常见细胞类型标记基因数据库（Pang… · CellMarker）的使用
手动注释Pang
20
亚群再聚类
对特定cluster细分 · 反复优化分辨率
亚群再聚类cluster
21
差异表达分析
组间差异基因（sc.tl.rank_…
差异表达分析sc.tl.rank
22
功能富集分析
利用gseapy或scanpy内置函…
功能富集分析gseapy
23
细胞周期评分
sc.tl.score_genes_…
细胞周期评分sc.tl.score
24
转录因子分析
pySCENIC或DORothea的…
转录因子分析pySCENIC
25
细胞轨迹推断
scVelo · Dynamo（RNA velocit…
细胞轨迹推断scVelo
26
细胞间通信
CellChat · NicheNet · LIANA等工具的集成
细胞间通信CellChat
27
多组学整合
CITE-seq（RNA+ADT） · scRNA+scATAC联合分析
多组学整合CITE-seq
28
结果保存与导出
写入h5ad · CSV · PDF/SVG图片
结果保存导出
29
实战案例
从公共数据集（如PBMC3k）从头执…
实战案例PBMC3k
30
常见问题与调试
内存溢出 · 速度慢 · 结果可重复性
常见问题调试