VIP20
本课程属于：042-单细胞转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

RNA velocity入门与实践教程

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
RNA velocity简介与生物背景
RNA velocity简介与生物背景 · 核心概念 · 实践要点
RNAvelocity
02
RNA velocity的基本原理
未剪接与剪接mRNA
RNAvelocity
03
RNA velocity的数学基础
稳态模型与速率微分方程
RNAvelocity
04
RNA velocity所需的数据类型
单细胞RNA-seq数据
RNAvelocity
05
环境搭建
安装Python · R · conda等基础工具
环境搭建Python
06
数据集获取
10X Genomics数据与公共数…
数据集获取Genomics
07
使用velocyto进行count矩阵生成
使用velocyto进行count矩阵生… · 核心概念 · 实践要点
velocytocount
08
理解velocyto的输出
loom文件结构
velocyto理解
09
安装scVelo
Python环境配置与依赖
scVelo安装
10
scVelo数据读取与预处理
scVelo数据读取与预处理 · 核心概念 · 实践要点
scVelo数据读取
11
基因过滤与质量控制
基因过滤与质量控制 · 核心概念 · 实践要点
基因过滤质量控制
12
归一化与log转换
归一化与log转换 · 核心概念 · 实践要点
log归一化
13
高变基因选择
高变基因选择 · 核心概念 · 实践要点
高变基因选择重点
14
降维
PCA · t-SNE · UMAP
降维PCA
15
聚类分析（Leiden、Louvain）
聚类分析（Leiden、Louvain） · 核心概念 · 实践要点
LeidenLouvain
16
RNA velocity的稳态模型计算
RNA velocity的稳态模型计算 · 核心概念 · 实践要点
RNAvelocity
17
速度向量场可视化
速度向量场可视化 · 核心概念 · 实践要点
速度向量场可视化重点
18
流线图与潜在时间分析
流线图与潜在时间分析 · 核心概念 · 实践要点
流线图时间分析
19
速度伪时间推断
速度伪时间推断 · 核心概念 · 实践要点
速度伪时间推断重点
20
细胞命运预测与分支分析
细胞命运预测与分支分析 · 核心概念 · 实践要点
细胞命运预测分支分析
21
动态模型（dynamical model）介绍
动态模型（dynamical model… · 核心概念 · 实践要点
dynamicalmodel
22
使用scVelo的dynamical模式
使用scVelo的dynamical模式 · 核心概念 · 实践要点
scVelodynamical
23
模型评估与诊断
模型评估与诊断 · 核心概念 · 实践要点
模型评估诊断
24
多组学整合
RNA velocity与ATAC-…
多组学整合RNA
25
与Cicero/SCENIC结合分析
与Cicero/SCENIC结合分析 · 核心概念 · 实践要点
Cicero/SCENI…结合分析
26
案例1
造血干细胞分化
案例1造血干细胞分化
27
案例2
神经发育轨迹
案例2神经发育轨迹
28
案例3
肿瘤异质性分析
案例3肿瘤异质性分析
29
常见问题与调试技巧
常见问题与调试技巧 · 核心概念 · 实践要点
常见问题调试技巧
30
总结与进阶资源
总结与进阶资源 · 核心概念 · 实践要点
进阶资源总结与进阶资源