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扫除批次效应：Harmony整合方法讲解

共计 30 章节
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01
批次效应的来源与影响
为什么单细胞数据整合需要Harmon…
批次效应的来源影响
02
Harmony算法原理（一）
迭代聚类与校正的数学直觉
Harmony算法原理
03
Harmony算法原理（二）
软聚类 · RBF核与误差修正项
Harmony算法原理
04
Harmony vs 其他整合方法
Seurat CCA · MNN · scVI的比较
Harmonyvs
05
环境搭建
R语言与Harmony包安装（含Se…
环境搭建Harmony
06
第一个Harmony整合实战
两个PBMC样本的快速整合
Harmony第一个
07
理解Harmony的输出
协调后的嵌入矩阵与元数据
Harmony理解
08
参数调优（一）
sigma · lambda与do_pca的实战影响
参数调优sigma
09
参数调优（二）
max.iter.harmony · eps.stop与内存控制
参数调优max.iter.har…
10
多批次整合（>2批次）
Harmony的扩展性与稳定性
多批次整合>2批次
11
基于Harmony的降维可视化
UMAP/t-SNE与批次重叠评估
Harmony基于
12
批次效应消除的量化指标
iLISI · kBET与ASW
批次效应消除的量…iLISI
13
利用Harmony校正后的数据寻找差异基因（FindMarkers）
利用Harmony校正后的数据寻找差异基… · 核心概念 · 实践要点
HarmonyFindMarkers
14
Harmony与细胞类型注释
如何在整合后保持生物学信号
Harmony细胞类型注释
15
实战
整合10X Genomics不同测序…
Genomics整合10X
16
实战
整合Smart-seq2与10X数据…
Smart-seq2整合
17
实战
整合跨物种数据（小鼠-人类）的注意事…
整合跨物种数据小鼠
18
Harmony与scTransform的结合
标准流程优化
HarmonyscTransform
19
Harmony与DoubletFinder的先后顺序
去除双细胞的最佳实践
HarmonyDoubletFinde…
20
大规模数据优化
Harmony的并行计算与内存管理
大规模数据优化Harmony
21
可视化整合质量
使用ggplot2绘制批次混合度热图
可视化整合质量ggplot2
22
错误排查（一）
集成失败常见原因（细胞数量过少 · 参数冲突）
错误排查集成失败常见原因
23
错误排查（二）
校正后出现“过度校正”的识别与解决
错误排查校正后出现“过度…
24
高级技巧
在Harmony校正后手动调整批次权…
高级技巧Harmony
25
基于Harmony的空间转录组数据整合（Stlearn/Seurat）
基于Harmony的空间转录组数据整合（… · 核心概念 · 实践要点
HarmonyStlearn/Seur…
26
Harmony与SCENIC
校正后转录因子活性分析的兼容性
HarmonySCENIC
27
实战案例
利用Harmony整合TCGA肿瘤样…
实战案例Harmony
28
实战案例
整合COVID-19患者不同时间点的…
实战案例COVID-19
29
结果报告撰写
论文中如何汇报Harmony参数与整…
结果报告撰写Harmony
30
总结与展望
Harmony 2.0 · 深度学习整合与未来趋势
Harmony0