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Docker生信质控流水线复现与自动化

共计 30 章节
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01
Docker基础概念与安装
容器化原理 · Docker架构 · 安装与验证
Docker基础概念
02
Docker镜像与容器基础操作
镜像拉取 · 容器运行 · 常用命令
Docker镜像
03
Dockerfile编写入门
FROM · RUN · COPY
Dockerfile编写入门
04
数据质控概述与常用工具
质控流程 · FastQC · MultiQC
数据质控概述常用工具
05
FastQC
质量评估基础：安装与运行 · 解读报告 · 命令行参数
FastQC质量评估基础
06
MultiQC
多报告聚合：安装 · 聚合多个FastQC结果 · 自定义报告
MultiQC多报告聚合
07
Trimmomatic
读段修剪：安装 · 参数设置 · PE/SE模式
Trimmomatic读段修剪
08
Cutadapt
接头去除：安装 · 接头序列指定 · 质量修剪
Cutadapt接头去除
09
BWA/Samtools序列比对基础
BWA索引与比对 · Samtools格式转换与排序
BWA/Samtools序列比对基础
10
使用Docker封装FastQC
编写Dockerfile · 构建与测试
DockerFastQC
11
使用Docker封装MultiQC
依赖安装 · 多阶段构建
DockerMultiQC
12
使用Docker封装Trimmomatic
Java环境配置 · 镜像优化
DockerTrimmomatic
13
使用Docker封装Cutadapt
Python环境与依赖管理
DockerCutadapt
14
使用Docker封装BWA/Samtools
编译安装与体积控制
DockerBWA/Samtools
15
Docker多阶段构建优化镜像
减少层数 · 清理缓存 · 最终镜像瘦身
Docker多阶段构建优化镜…
16
环境变量与数据卷管理
ENV指令 · 挂载卷 · 容器间数据共享
环境变量数据卷管理
17
使用Docker Compose编排多容器管线
YAML编写 · 服务依赖 · 网络
DockerCompose
18
编写Shell脚本串联质控步骤
流程自动化 · 参数传递 · 错误处理
Shell编写
19
引入Snakemake构建可重现管线
规则 · 输入输出 · 配置
Snakemake引入
20
Snakemake集成Docker容器
container指令 · 绑定挂载
SnakemakeDocker
21
CWL（通用工作流语言）基础
工具定义 · 输入输出 · 命令行
CWL通用工作流语言
22
使用CWL封装Docker步骤
DockerRequirement · 步骤链接
CWLDocker
23
Nextflow基础与Docker集成
进程定义 · Docker配置 · DSL2
NextflowDocker
24
Docker镜像仓库与版本管理
Docker Hub · 私有仓库 · 标签策略
Docker镜像仓库
25
GitHub Actions自动化构建Docker镜像
Workflow编写 · 缓存 · 触发
GitHubActions
26
持续集成/持续部署（CI/CD）管线
测试 · 部署到服务器
CI/CD持续集成
27
容器安全与最佳实践
非root用户 · 镜像扫描 · 最小化攻击面
容器安全最佳实践
28
性能优化
资源限制与日志：CPU/内存限制 · 日志管理
性能优化CPU
29
实战
构建完整质控管线（一）
构建完整质控管线构建完整质控管线…
30
实战
构建完整质控管线（二） · Docker Compose · CI/CD
构建完整质控管线构建完整质控管线…