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BLAST批次序列注释一致性与差异校验

共计 30 章节
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01
课程介绍
BLAST批次注释一致性检查的必要性…
课程介绍BLAST
02
BLAST基础
算法原理与核心参数详解
BLAST算法原理
03
BLAST+安装
Linux/macOS/Window…
BLAST+安装
04
数据库构建
makeblastdb命令与常用参数
数据库构建makeblastdb
05
单序列BLAST查询
blastn/blastp基础用法
BLAST单序列
06
批量BLAST脚本
shell循环实现批处理
BLAST批量
07
结果合并
多文件输出整合为统一表格
结果合并多文件输出整合为…
08
Python调用BLAST
subprocess模块实战
PythonBLAST
09
并行加速
Python多进程并行运行BLAST
并行加速Python
10
输出格式解析
tabular · XML · ASN.1对比
输出格式解析tabular
11
结果过滤
基于 e-value · score · identity 筛选
结果过滤e-value
12
最佳hit提取
Python解析BLAST tabu…
hit最佳
13
注释文件基础
GFF/GTF格式结构与关键字段
注释文件基础GFF/GTF
14
Python解析GFF3
使用 BCBio 或 gffutil…
PythonGFF3
15
序列提取
根据GFF坐标获取基因/转录本
序列提取GFF
16
注释一致性概念
基因结构 · 功能 · 坐标比对
注释一致性概念基因结构
17
一致性指标
覆盖率 · 准确率 · 冗余度计算
一致性指标覆盖率
18
基因结构比对
外显子数量 · 长度 · 相位差异
基因结构比对外显子数量
19
功能域一致性
InterProScan结果比较
功能域一致性InterProScan
20
两版本注释对比
BLAST比对同一基因组不同注释
两版本注释对比BLAST
21
同源基因一致性
跨物种BLAST结果评估
同源基因一致性BLAST
22
不同软件预测比较
Augustus vs MAKER…
不同软件预测比较Augustus
23
更新前后注释对比
原注释与新版本一致性
更新前后注释对比原注释
24
一致性评分
综合打分公式与实现
一致性评分综合打分公式
25
R语言可视化
ggplot2绘制一致性散点图/热图
R语言可视化ggplot2
26
报告生成
R Markdown / Pytho…
报告生成Markdown
27
错误处理
BLAST失败 · 结果缺失 · 格式异常
错误处理BLAST
28
性能优化
数据库分块 · 索引 · 缓存策略
性能优化数据库分块
29
Docker化流程
一键部署BLAST+Python环境
Docker化流程
30
课程总结
常见坑点与进一步学习资源
课程总结常见坑点