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PCA检测ADMET批次偏差与校正评估

共计 30 章节

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课程介绍与目标

整体课程框架 · 学习目标 · 适用人群

课程介绍目标

ADMET基本概念

吸收 · 分布 · 代谢

ADMET基本概念

批次效应概述

什么是批次效应 · 产生原因 · 对ADMET预测的影响

批次效应概述什么是批次效应

PCA原理简介

主成分分析的核心思想 · 几何解释 · 数学推导概要

PCA原理简介

PCA用于批次效应检测的原理

为什么PCA能揭示批次差异 · PCA得分图解读

PCA用于批次效应检测…

ADMET数据集获取途径（公开数据库 · 模拟数据） · 数据格式说明

数据准备ADMET

数据预处理

标准化（Z-score） · 缺失值处理（均值填充 · 删除）

数据预处理Z-score

合并多个批次数据 · 保持特征一致性 · 批次标签分配

数据整合合并多个批次数据

可视化工具

matplotlib与seaborn… · 常用配置

可视化工具matplotlib

使用PCA进行初步可视化

计算PCA · 绘制散点图 · 按批次着色

绘制PCA得分图

加载向量图 · 解释方差比例 · 生成美观的批次叠加图

批次效应视觉检测方法

观察聚类分离程度 · 置信椭圆 · 密度轮廓

批次效应视觉检测…观察聚类分离程度

统计检验批次效应

ANOVA · Kruskal-Wallis · PERMANOVA在批次效应中的应用

统计检验批次效应ANOVA

基于PCA的批次效应量化指标

批次分离指数 · Silhouette得分 · BV Score计算

使用PCA校正批次效应

ComBat方法原理 · 在PCA空间中的实现 · 代码示例

模拟批次效应数据生成：自定义批次偏移 · 随机噪声 · 验证检测效果

实战1模拟批次效应数据…

真实ADMET数据集批次效应检测 · PubChem）进行PCA分析

使用PCA+ComBat校正 · 参数调优 · 校正前后对比可视化

实战3PCA+ComBat

评估校正效果

t-SNE与UMAP对比PCA · 可视化校正后的分布一致性

评估校正效果t-SNE

模型性能影响评估

校正前后ADMET预测模型（随机森林 · GNN）的准确率 · AUC变化

模型性能影响评估ADMET

自动化批次检测流程构建

编写Python脚本 · 集成pca_batch_detect… · 批量处理多数据集

自动化批次检测流…Python

药物ADMET预测中的批次效应——以…

案例研究ADMET

多批次处理——多批次合并的PCA分析 · 层次聚类 · 批次树

高级话题PCA

核PCA应用于非线性批次效应 · 参数选择 · 可视化

高级话题PCA

常见陷阱与注意事项

过度校正 · 样本量不足 · 批次与生物学效应混淆

常见陷阱注意事项

结果解释与报告生成

如何撰写批次效应检测报告 · 图表选择 · 结论表述

结果解释报告生成

集成到ADMET预测管线

将批次检测/校正模块嵌入现有工作流（… · PyTorch）

总结与最佳实践

PCA批次效应检测的核心要点 · 推荐工具 · 未来方向

最佳实践PCA

参考文献与资源

经典论文 · 代码仓库 · 数据集链接（仅路径提示）

参考文献资源

完整批次效应检测与校正——给定多批次… · 完成检测 · 校正及评估报告

课程项目完整批次效应检测