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ADMET分子描述符PCA降维与数据质控

共计 30 章节
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01
ADMET概述
吸收 · 分布 · 代谢
ADMET吸收
02
分子描述符基础
什么是分子描述符？常见类型（拓扑 · 电子 · 几何
分子描述符基础什么是分子描述符…
03
描述符计算工具介绍
RDKit · OpenBabel · Mordred
描述符计算工具介…RDKit
04
Python环境搭建
Anaconda · Jupyter Lab · 虚拟环境创建与依赖包管理
Python环境搭建
05
数据采集与预处理
从PubChem · ChEMBL等数据库获取分子数据 · 清洗与标准化
数据采集预处理
06
分子表示与SMILES
SMILES规则 · 标准化 · Canonical SMILES生成…
SMILES分子表示
07
批量描述符计算
使用RDKit计算2D描述符（分子量 · LogP · TPSA
批量描述符计算RDKit
08
描述符矩阵构建
从分子列表到表格 · 处理缺失值与异常值
描述符矩阵构建从分子列表到表格
09
描述符标准化
Z-score归一化 · Min-Max缩放 · Robust缩放的选择与实践
描述符标准化Z-score
10
PCA数学原理
协方差矩阵 · 特征值 · 特征向量
PCA数学原理
11
PCA在分子描述符分析中的应用
降维可视化 · 共线性诊断 · 异常分子发现
PCA分子描述符分析
12
使用scikit-learn进行PCA
PCA类参数详解与实战代码
scikit-learnPCA
13
PCA结果解读
载荷图（Loading Plot） · 得分图（Score Plot） · 双标图（Biplot）
PCA结果解读
14
质控指标（一）
Hotelling T²统计量——识…
质控指标Hotelling
15
质控指标（二）
Q残差（SPE）——检测模型外样本
质控指标SPE
16
质控指标（三）
贡献图（Contribution P…
质控指标Contribution
17
质控指标（四）
累积方差阈值与交叉验证选择主成分数
质控指标累积方差阈值
18
实操
ADMET描述符PCA全流程代码实现…
实操ADMET
19
可视化（一）
PCA得分散点图着色（按属性或类别）…
可视化PCA
20
可视化（二）
热图显示描述符与主成分相关性
可视化热图显示描述符
21
可视化（三）
动态交互式PCA图表（Plotly实…
可视化PCA
22
案例
LogP · TPSA · HBD等经典ADMET描述符的PCA…
案例LogP
23
案例
在虚拟筛选项目中用PCA质控过滤异常…
案例PCA
24
高通量场景下的PCA优化
处理超大数据集的增量PCA（Incr…
PCA高通量场景下的
25
描述符选择对PCA质控的影响
去除低方差 · 高共线性描述符的必要性
PCA描述符选择对
26
模型验证
使用外部测试集评估PCA质控模型的稳…
模型验证PCA
27
常见问题与Debug
描述符计算错误 · 矩阵奇异 · 组分解释不一致的解决方法
Debug常见问题
28
报告生成
将PCA质控结果导出为PDF/HTM…
报告生成PCA
29
扩展
结合ADMET预测模型（如随机森林 · XGBoost）的PCA特征工程
扩展ADMET
30
总结与最佳实践
ADMET分子描述符PCA质控的工业…
最佳实践ADMET