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Harmony空间转录组批次校正与参数优化

共计 30 章节
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01
批次效应概述
什么是批次效应 · 单细胞数据中的挑战
批次效应概述什么是批次效应
02
Harmony算法原理
软聚类与迭代调整的核心思想
Harmony算法原理
03
环境搭建
安装R与RStudio · Harmony包及其依赖
环境搭建RStudio
04
R基础回顾
数据框 · 矩阵操作 · 读取单细胞数据
R基础回顾数据框
05
Seurat对象入门
创建Seurat对象 · 标准化 · 筛选高变基因
Seurat对象入门
06
PCA降维
运行主成分分析 · 选择主成分数量
PCA降维
07
Harmony运行
Harmony函数参数详解与调用
Harmony运行
08
校正后可视化
UMAP/tSNE绘制 · 按批次着色
校正后可视化UMAP/tSNE
09
校正效果评估
混杂评分 · 生物保守性指标
校正效果评估混杂评分
10
双批次整合实战
数据加载 · 合并 · Harmony整合
双批次整合实战数据加载
11
多批次整合实战
处理3个及以上批次的数据
多批次整合实战处理3个
12
无监督聚类
基于Harmony嵌入进行细胞分群
无监督聚类Harmony
13
差异表达分析
校正后不同条件下的差异基因
差异表达分析校正后不同条件下…
14
细胞类型注释
利用已知标记基因识别细胞亚群
细胞类型注释利用已知标记基因…
15
Harmony的局限性
何时不适合使用该方法
Harmony的局限性
16
整合方法对比
CCA · mnnCorrect · scVI等
整合方法对比CCA
17
参数调优
theta · lambda · nclust等关键参数
参数调优theta
18
大型数据处理
内存优化 · 分步整合策略
大型数据处理内存优化
19
跨技术平台整合
10x与Smart-seq2数据合并
跨技术平台整合Smart-seq2
20
跨物种整合
小鼠与人类数据的整合实践
跨物种整合小鼠
21
时间序列整合
同一样本不同时间点的对齐
时间序列整合同一样本不同时间…
22
条件实验整合
处理组与对照组的批次校正
条件实验整合处理组
23
Python中的Harmony
使用scanpy与harmony-p…
PythonHarmony
24
自定义Harmony
修改聚类数 · 距离度量
Harmony自定义
25
提取Harmony嵌入
从Seurat对象中获得矫正坐标
Harmony提取
26
迭代过程可视化
绘制Harmony收敛曲线
迭代过程可视化Harmony
27
保存与加载
RDS格式保存Harmony对象
保存加载
28
常见错误与解决
数据格式 · 内存不足等
常见错误解决
29
实战案例
PBMC数据完整整合流程
实战案例PBMC
30
总结与展望
Harmony的适用场景与未来方向
Harmony的适用场景