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H&E组织图像与空间转录组数据配准

共计 30 章节
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01
课程介绍与背景
空间转录组与H&E图像对齐的意义
课程介绍背景
02
空间转录组技术基础
10x Visium · Slide-seq等原理
空间转录组技术基…Visium
03
H&E染色原理与图像特征
组织学结构在图像中的表现
H&E染色原理图像特征
04
图像对齐基本概念
坐标系统 · 变换模型与误差度量
图像对齐基本概念坐标系统
05
图像预处理
去噪 · 颜色归一化 · 对比度增强
图像预处理去噪
06
特征提取方法
SIFT · ORB · SuperPoint等
特征提取方法SIFT
07
基于特征点的配准
匹配 · 筛选与刚体变换
基于特征点的配准匹配
08
基于强度/互信息的配准
优化方法与实现
基于强度互信息的配准
09
深度学习配准概述
CNN · Transformer在图像对齐中的…
深度学习配准概述CNN
10
全切片图像读取
OpenSlide · PyVips与多尺度处理
全切片图像读取OpenSlide
11
图像金字塔与多尺度对齐策略
图像金字塔与多尺度对齐策略 · 核心概念 · 实践要点
图像金字塔多尺度对齐策略
12
手动标注对应点与几何变换估计
手动标注对应点与几何变换估计 · 核心概念 · 实践要点
手动标注对应点几何变换估计
13
仿射变换与薄板样条变换原理及代码实现
仿射变换与薄板样条变换原理及代码实现 · 核心概念 · 实践要点
仿射变换薄板样条变换原理
14
基于深度学习的端到端配准框架
VoxelMorph · CorrNet等
基于深度学习的端…VoxelMorph
15
损失函数设计
归一化互相关 · Dice · 对抗损失
损失函数设计归一化互相关
16
训练数据准备
合成变形 · 仿真配准数据生成
训练数据准备合成变形
17
模型评估指标
目标配准误差 · Dice系数 · F1
模型评估指标目标配准误差
18
实际案例1
小鼠肝脏组织H&E与Visium数据…
实际案例1Visium
19
实际案例2
人脑皮层组织多模态对齐
实际案例2人脑皮层组织多模…
20
配准后下游分析
空间表达可视化 · 差异基因检测
配准后下游分析空间表达可视化
21
对齐误差分析与校正
迭代精配准 · 刚性-非刚性混合
对齐误差分析校正
22
基于图神经网络的空间感知配准（进阶）
基于图神经网络的空间感知配准（进阶） · 核心概念 · 实践要点
基于图神经网络的…进阶
23
多模态融合
H&E + 免疫荧光 + 空间转录组…
多模态融合H&E
24
可重复性流程与标准
使用Snakemake/NXF构建管…
可重复性流程标准
25
常见问题与避坑指南
图像伪影 · 批次效应 · 内存管理
常见问题避坑指南
26
实战项目1
实现一个基于特征点的快速配准脚本
实战项目1实现一个基于特征…
27
实战项目2
使用深度网络对批量图像进行配准
实战项目2使用深度网络对批…
28
实战项目3
将配准结果集成到Scanpy分析流程
实战项目3Scanpy
29
前沿进展
空间组学与AI配准的最新论文导读
前沿进展AI
30
课程总结与未来展望
挑战与机会
课程总结未来展望