3. 环境搭建：安装 R 与 RStudio、Harmony 包及其依赖

做生信分析，环境就是你的手术台。R 和 RStudio 是主刀工具，Harmony 就是那把专门处理批次效应的精细手术刀。今天我们就搭好这个台子。

3.1 R 与 RStudio：先造轮子再上路

我个人习惯先从 R 官网下载安装包。别用系统自带的包管理器装，版本容易落后，后面踩坑。

3.1.1 安装 R（版本 4.0 以上）

Harmony 在 R 4.0 及以上版本表现最稳定。我在项目中遇到过用户用 R 3.6 装不上 Harmony 的情况——嗯，后来发现是依赖包版本太老。

各平台安装方式：

1. Windows：去 CRAN 下载 .exe，一路 Next
2. macOS：下载 .pkg 文件，Intel 和 M 芯片选对应版本
3. Linux (Ubuntu/Debian)：用 apt 或下载 .deb

# Ubuntu 示例
sudo apt update
sudo apt install r-base r-base-dev

# 验证版本
R --version

3.1.2 安装 RStudio

RStudio 是 IDE，不是强制项，但我建议你用。代码高亮、项目管理、Git 集成——你想想看，靠终端敲 R 有多痛苦。

选 RStudio Desktop (Open Source Edition) 免费版就够用。

• 下载安装包：https://posit.co/download/rstudio-desktop/（文字提示，无实际URL）
• 安装完成后打开，检查 R 是否自动关联

3.2 Harmony 包安装：三步搞定

Harmony 本身托管在 CRAN 和 GitHub。我用 GitHub 版更多，因为 bug 修复更及时。

3.2.1 从 CRAN 安装（稳定版）

install.packages("harmony")

一行代码搞定。它会自动拉取依赖包，比如 Rcpp、RcppArmadillo、irlba 等。

3.2.2 从 GitHub 安装（开发版）

你如果需要修复某些特定 bug 或新功能，可以用 devtools：

install.packages("devtools")
devtools::install_github("immunogenomics/harmony")

3.3 依赖包管理：别让库打架

Harmony 依赖这几个核心包：

装依赖时最容易翻车的是 Rcpp 的编译。Windows 上缺 Rtools，macOS 缺 Xcode Command Line Tools。说白了就是编译器没配好。

3.4 验证安装：跑个测试才放心

环境搭好了，跑个简单测试。我每次在新机器上都要走一遍，确认 Harmony 能正常加载和运行。

# 加载 Harmony
library(harmony)

# 查看版本
packageVersion("harmony")

# 运行内置演示数据
data(cell_lines)
head(cell_lines)

如果没报错，说明环境就绪。如果报错，看下面避坑指南。

3.5 避坑指南：我踩过的雷

这里列几个常见问题，都是我在项目中遇到过的情况：

• ❌ 报错：`RcppArmadillo` 版本低
  升级到最新版：install.packages("RcppArmadillo")
• ❌ 报错：`irlba` 安装失败
  检查 R 版本是否 4.0+，太旧的话换新 R
• ❌ 报错：`library(harmony)` 找不到
  检查是否装到了不同 library 路径：.libPaths() 查看
• ❌ macOS 编译报错
  装 Xcode CLI tools：xcode-select --install

3.6 环境搭建流程图

下面这张图帮你理清整体流程。说白了就是先装 R，再装 Studio，最后装 Harmony 及其依赖。

按这个顺序走，基本不会出大问题。装完后重启 RStudio，跑个 library(harmony)，看到欢迎消息，环境搭建就完成了。