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空间转录组分析与细胞互作管线

共计 30 章节
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01
空间转录组学概述
技术原理 · 应用场景 · 常见平台介绍
空间转录组学概述技术原理
02
实验设计
样本准备 · 芯片选择 · 实验流程
实验设计样本准备
03
数据获取与格式
Space Ranger输出 · H5文件 · barcodes/features/…
数据获取格式
04
环境搭建
Python · R · conda
环境搭建Python
05
数据预处理
质量控制 · 过滤低质量barcodes和基因
数据预处理质量控制
06
归一化与缩放
Normalization · Log1p · Scaling
归一化缩放
07
高变基因选择
识别高变基因（HVG）
高变基因选择HVG
08
降维
PCA · t-SNE · UMAP
降维PCA
09
聚类
Louvain聚类 · Leiden聚类 · 参数调整
聚类Louvain
10
空间可视化
空间点图 · 基因表达空间分布
空间可视化空间点图
11
空间特征检测
热点区域 · spatial autocorrel…
空间特征检测热点区域
12
差异表达分析
在空间簇或区域间找差异基因
差异表达分析空间簇或区域间找…
13
细胞类型注释
基于marker genes或参考图…
细胞类型注释marker
14
空间区域识别
基于空间聚类的手动注释
空间区域识别基于空间聚类的手…
15
空间共定位分析
细胞类型空间共定位
空间共定位分析细胞类型空间共定…
16
配体-受体分析
空间近邻的配体-受体相互作用
配体受体分析
17
基因集富集分析
空间区域的GO/KEGG分析
基因集富集分析GO/KEGG
18
轨迹推断
空间伪时间分析（如Slingshot…
轨迹推断Slingshot
19
空间转录组与单细胞整合
将scRNA-seq数据映射到空间
空间转录组单细胞整合
20
多切片整合
合并多个空间样本（如harmony · BBKNN）
多切片整合harmony
21
组织区域分割
基于组织学图像分割（如H&E染色对齐…
组织区域分割基于组织学图像分…
22
空间基因表达模式
识别空间梯度 · 空间共表达模块
空间基因表达模式识别空间梯度
23
反卷积分析
从空间数据中估计细胞类型比例
反卷积分析从空间数据
24
细胞邻域分析
定义局部细胞邻域（CellNeigh…
细胞邻域分析CellNeigh
25
空间交互网络
构建细胞-细胞空间相互作用图
空间交互网络构建细胞
26
空间主成分
SpatialPCA等高级方法
空间主成分SpatialPCA
27
监督空间分析
基于先验标记的空间模式检测
监督空间分析基于先验标记的空…
28
空间下游可视化
小提琴图 · 热图 · 聚类树
空间下游可视化小提琴图
29
结果报告与导出
生成HTML报告 · 保存对象
结果报告导出
30
项目实战案例
整合一个完整数据集（如小鼠大脑 · 肿瘤样本）进行端到端分析
项目实战案例整合一个完整数据…