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多批次Visium质量评估与整合校正

共计 30 章节
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01
课程介绍
多批次Visium数据质控的重要性
课程介绍Visium
02
Visium技术原理与数据特点
Visium技术原理与数据特点 · 核心概念 · 实践要点
Visium技术原理
03
数据格式
H5 · MEX · SpaceRanger输出
数据格式H5
04
实验设计
批次效应的来源与影响因素
实验设计批次效应的来源
05
质量控制概述
从原始数据到干净数据
质量控制概述从原始数据到干净…
06
读取数据
Scanpy与Seurat的实践
读取数据Scanpy
07
质量控制指标
UMI计数 · 基因数 · 线粒体比例
质量控制指标UMI
08
过滤低质量细胞/点
阈值设定与策略
过滤低质量细胞阈值设定
09
过滤低质量基因
表达基因数的过滤
过滤低质量基因表达基因数的过滤
10
双细胞识别与去除的方法
双细胞识别与去除的方法 · 核心概念 · 实践要点
双细胞识别去除的方法
11
批次特异性QC参数调优技巧
批次特异性QC参数调优技巧 · 核心概念 · 实践要点
QC批次特异性
12
批次效应可视化
PCA · t-SNE · UMAP
批次效应可视化PCA
13
批次效应定量评估
kBET与LISI指标
批次效应定量评估kBET
14
数据标准化
SCTransform vs Log…
数据标准化SCTransform
15
批次校正方法（一）
Harmony原理与实现
批次校正方法Harmony
16
批次校正方法（二）
ComBat与ComBat-seq
批次校正方法ComBat
17
批次校正方法（三）
scVI深度学习整合
批次校正方法scVI
18
批次校正方法（四）
MNN与BBKNN
批次校正方法MNN
19
整合后QC验证
校正效果评估
QC整合后
20
空间坐标对齐与多批次合并
空间坐标对齐与多批次合并 · 核心概念 · 实践要点
空间坐标对齐多批次合并
21
多批次合并后空间分布一致性检查
多批次合并后空间分布一致性检查 · 核心概念 · 实践要点
多批次合并后空间…重点
22
聚类分析前的QC
高变基因选择
QC聚类分析前的
23
差异表达分析中的批次效应去除
差异表达分析中的批次效应去除 · 核心概念 · 实践要点
差异表达分析批次效应去除
24
基因表达批次效应可视化评估
基因表达批次效应可视化评估 · 核心概念 · 实践要点
基因表达批次效应…重点
25
QC结果可视化
小提琴图 · 热图 · 点图
QC结果可视化
26
数据导出与自动报告生成
数据导出与自动报告生成 · 核心概念 · 实践要点
数据导出自动报告生成
27
实战案例一
两批次小鼠脑组织切片
实战案例一两批次小鼠脑组织…
28
实战案例二
四批次人类肿瘤组织
实战案例二四批次人类肿瘤组…
29
常见问题与陷阱（内存、稀疏矩阵处理）
常见问题与陷阱（内存、稀疏矩阵处理） · 核心概念 · 实践要点
常见问题陷阱
30
总结与最佳实践
打造可复现的QC流程
最佳实践QC