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本课程属于：030-空间转录组批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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多批次Visium联合分析案例

共计 30 章节

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课程简介与学习目标

课程背景 · 目标受众 · 前置知识

课程简介学习目标

空间转录组技术概述与Visium平台

技术原理 · 实验流程 · 数据特点

Visium空间转录组技术概…

多批次实验设计原则

批次来源 · 随机化策略 · 对照设置

多批次实验设计原…批次来源

数据下载与格式了解

获取公共数据集 · H5与MEX格式 · 元数据文件解析

数据下载格式了解

使用Scanpy加载Visium数据

读取空间矩阵 · 组织图像配准 · 创建AnnData对象

质量控制（QC）指标与过滤

UMI计数 · 基因数 · 线粒体比例

数据标准化方法

LogNormalize · SCTransform原理与实现 · 标准化效果对比

数据标准化方法LogNormalize

高变基因选择

基于方差稳定化 · Seurat v3方法 · 自定义基因集

高变基因选择基于方差稳定化

批次效应可视化

PCA散点图 · UMAP Embedding · 批次混淆热图

批次效应可视化PCA

基于ComBat的批次校正

原理简介 · 在Scanpy中的应用 · 参数调优

基于Harmony的整合

嵌入矫正 · 多轮迭代 · 整合后聚类一致性

基于scVI的深度整合

VAE模型构建 · 条件批处理 · 潜在空间可视化

基于BBKNN的图基整合

邻近图构建 · 批次平衡 · 连通性验证

整合后聚类（Louvain/Leiden）

分辨率选择 · 聚类算法比较 · 模块度评估

Louvain/Leid…整合后聚类

聚类结果评估与稳定性

Silhouette得分 · Bootstrap验证 · 标记基因验证

聚类结果评估稳定性

细胞类型注释

单细胞参考映射（CellTypist · SingleR） · 手动注释策略

细胞类型注释CellTypist

差异表达分析

Wilcoxon秩和检验 · t检验 · Log2FC与p值筛选

差异表达分析Wilcoxon

空间特征图可视化

基因表达空间分布 · 自定义调色板 · 多面板排版

空间特征图可视化基因表达空间分布

空间区域识别

SpatialDE · MERINGUE · STAGATE等方法比较

空间区域识别SpatialDE

多批次共有的空间模式

跨批次空间热点 · 一致性评分 · 共享标记基因

多批次共有的空间…跨批次空间热点

批次特异性分析

批次特有基因 · 差异空间模式 · 技术或生物学解释

批次特异性分析批次特有基因

整合后的空间轨迹分析

伪时间推断 · 空间趋势 · Monocle3与Palantir应…

整合后的空间轨迹…伪时间推断

配体-受体相互作用分析

CellChat · NicheNet · 空间距离约束

配体受体相互作用分析

空间共定位分析

细胞类型邻域分析 · 共定位统计 · 可视化

空间共定位分析细胞类型邻域分析

可视化报告生成

ggplot2/R的SpatialF… · Squidpy交互图 · PDF报告

可视化报告生成ggplot2/R

结果解读与生物学意义

整合后新发现 · 假阳性控制 · 可重复性讨论

结果解读生物学意义

两批次小鼠脑数据整合 · 常见坑总结

案例实战两批次小鼠脑数据…

三批次人类肿瘤数据整合：批次失衡处理 · 肿瘤异质性解析

案例实战三批次人类肿瘤数…

常见问题与调试技巧

内存溢出 · 版本冲突 · 对比度校正

常见问题调试技巧

总结与拓展

课程回顾 · 进阶方法（多模态整合） · 未来方向

拓展课程回顾