VIP20

本课程属于：029-RNA-seq表达分析批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

edgeR广义线性模型批次差异分析

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

RNA-seq差异表达分析背景 · edgeR核心思想 · 与limma/deSeq2的对比

R与RStudio安装 · Bioconductor配置 · edgeR包安装与版本管理

环境搭建RStudio

输入数据格式（基因表达矩阵 · 分组信息） · 读取counts文件

数据准备输入数据格式

创建DGEList · 指定分组因子 · 添加基因注释信息

过滤低表达基因

过滤标准（CPM阈值 · 最小样本数） · 过滤效果评估

过滤低表达基因CPM

计算标准化因子（TMM · RLE · upperquartile）

探索性数据分析

MDS图 · PCA图 · 样本间距离热图

探索性数据分析MDS

批次效应识别

可视化批次效应（分组颜色 · 批次颜色） · 使用plotMDS分批次标记

批次效应识别可视化批次效应

构建公式（~批次+处理） · 创建model.matrix · 检查设计矩阵的秩

设计矩阵构建公式

GLM模型基础

负二项分布 · 均值-方差关系 · dispersion估计（trend…

GLM模型基础

估计离散度

estimateDisp函数 · BCV图 · 离散度分布检查

估计离散度estimateDisp

glmFit函数 · 系数矩阵理解 · 查看系数名称和对比

似然比检验

glmLRT函数 · 对比指定（coef或contrast… · 结果提取与排序

似然比检验glmLRT

准似然F检验

glmQLFit+glmQLFTes… · 与LRT的适用场景对比

准似然F检验glmQLFit+glm…

多重检验校正

BH校正 · FDR控制 · p-value分布检验

多重检验校正BH

logFC · p-value · FDR

结果解读logFC

火山图绘制

基础火山图（logFC vs -lo… · 标记显著基因 · 自定义阈值线

火山图绘制logFC

平均表达量 vs logFC · 突出显著基因 · 批次效应残留检查

显著基因表达热图 · 样本聚类 · 颜色主题与注释条

热图绘制显著基因表达热图

多组比较时的自定义对比 · constrasts.matrix构… · 多个对比同时检验

对比矩阵多组比较时的自定…

多因子设计

同时含处理 · 批次 · 协变量的模型

多因子设计同时含处理

时间序列分析

连续变量建模 · 多项式时间趋势 · 识别差异表达的时间模式

时间序列分析连续变量建模

批次校正方法

removeBatchEffect函… · 与RUVseq/SVA的配合 · 校正前后效果评估

批次校正方法removeBatchE…

自动化脚本

构建完整分析流程（过滤→标准化→建模… · 参数化运行

自动化脚本构建完整分析流程

单因子两水平（处理vs对照）完整分析 · 含批次已知的校正

实际案例1vs

多因子设计（处理+时间+批次）分析 · 含交互效应检验

实际案例2多因子设计

常见错误与调试

设计矩阵奇异性 · 离散度估计失败 · 对比不匹配

常见错误调试

生成可复用的HTML/PDF报告（R… · 包含图与表

结果报告HTML/PDF

并行计算（BiocParallel） · 大矩阵处理策略 · 加速dispersion估计

性能优化BiocParallel

总结与进阶

edgeR的局限性 · 与其他工具集成 · 学习资源推荐