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edgeR与limma-voom联合批次效应建模

共计 30 章节
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01
课程简介与目标
课程简介与目标 · 核心概念 · 实践要点
课程简介目标
02
高通量测序数据与差异表达分析概述
高通量测序数据与差异表达分析概述 · 核心概念 · 实践要点
高通量测序数据差异表达分析概述
03
批次效应概念及其对差异分析的影响
批次效应概念及其对差异分析的影响 · 核心概念 · 实践要点
批次效应概念其对差异分析的影…
04
常见批次效应校正方法简介
常见批次效应校正方法简介 · 核心概念 · 实践要点
常见批次效应校正…重点
05
edgeR包简介与安装
edgeR包简介与安装 · 核心概念 · 实践要点
edgeR包简介
06
edgeR的DGEList对象与数据导入
edgeR的DGEList对象与数据导入 · 核心概念 · 实践要点
edgeRDGEList
07
edgeR的归一化方法（TMM等）
edgeR的归一化方法（TMM等） · 核心概念 · 实践要点
edgeRTMM
08
edgeR的差异表达分析流程
edgeR的差异表达分析流程 · 核心概念 · 实践要点
edgeR的差异表达分析流…
09
limma包简介与线性模型
limma包简介与线性模型 · 核心概念 · 实践要点
limma包简介
10
limma-voom方法原理
limma-voom方法原理 · 核心概念 · 实践要点
limma-voom方法原理
11
voom转换与权重计算
voom转换与权重计算 · 核心概念 · 实践要点
voom转换
12
limma-voom的差异分析步骤
limma-voom的差异分析步骤 · 核心概念 · 实践要点
limma-voom的差异分析步骤
13
在edgeR中嵌入limma-voom
在edgeR中嵌入limma-voom · 核心概念 · 实践要点
edgeRlimma-voom
14
设计矩阵与对比矩阵
设计矩阵与对比矩阵 · 核心概念 · 实践要点
设计矩阵对比矩阵
15
批次效应检测方法（PCA、热图）
批次效应检测方法（PCA、热图） · 核心概念 · 实践要点
PCA批次效应检测方法
16
使用ComBat消除批次效应
使用ComBat消除批次效应 · 核心概念 · 实践要点
ComBat使用
17
sva包与Surrogate Variable Analysis
sva包与Surrogate Varia… · 核心概念 · 实践要点
svaSurrogate
18
RUVseq方法简介
RUVseq方法简介 · 核心概念 · 实践要点
RUVseq方法简介
19
结合批次校正与edgeR分析
结合批次校正与edgeR分析 · 核心概念 · 实践要点
edgeR结合批次校正
20
结合批次校正与limma-voom分析
结合批次校正与limma-voom分析 · 核心概念 · 实践要点
limma-voom结合批次校正
21
实际操作
从counts矩阵开始
实际操作counts
22
实际操作
构建DGEList与过滤
实际操作DGEList
23
实际操作
TMM归一化与探索性分析
实际操作TMM
24
实际操作
检测批次效应
实际操作检测批次效应
25
实际操作
使用ComBat校正批次
实际操作ComBat
26
实际操作
limma-voom差异分析（校正后…
实际操作limma-voom
27
实际操作
edgeR差异分析（校正后）
实际操作edgeR
28
结果比较与可视化
结果比较与可视化 · 核心概念 · 实践要点
结果比较可视化
29
性能评估与注意事项
性能评估与注意事项 · 核心概念 · 实践要点
性能评估注意事项
30
总结与最佳实践
总结与最佳实践 · 核心概念 · 实践要点
最佳实践总结与最佳实践