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RNA-seq比对质量与基因表达分布验证

共计 30 章节
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01
比对率与基因表达分布
课程总览与学习目标
比对率基因表达分布
02
RNA-seq数据产生原理与常见建库方式
RNA-seq数据产生原理与常见建库方式 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq数据产生原理
03
原始测序数据格式（FASTQ）与质量编码
原始测序数据格式（FASTQ）与质量编码 · 核心概念 · 实践要点
FASTQ原始测序数据格式
04
参考基因组与基因注释文件（GTF/GFF）的基础
参考基因组与基因注释文件（GTF/GFF… · 核心概念 · 实践要点
GTF/GFF参考基因组
05
比对软件概览
STAR · HISAT2 · subread
比对软件概览STAR
06
STAR比对器的安装与索引构建
STAR比对器的安装与索引构建 · 核心概念 · 实践要点
STAR比对器的安装
07
STAR比对运行参数详解与实操
STAR比对运行参数详解与实操 · 核心概念 · 实践要点
STAR比对运行参数详解
08
比对率的定义与计算方法
比对率的定义与计算方法 · 核心概念 · 实践要点
比对率的定义计算方法
09
影响比对率的关键因素（文库质量、重复序列、多比对）
影响比对率的关键因素（文库质量 · 核心概念 · 实践要点
影响比对率的关键…文库质量
10
比对结果的BAM/SAM格式解读
比对结果的BAM/SAM格式解读 · 核心概念 · 实践要点
BAM/SAM比对结果的
11
使用samtools进行比对结果的排序与索引
使用samtools进行比对结果的排序与… · 核心概念 · 实践要点
samtools使用
12
基因表达定量原理
featureCounts与HTSe…
基因表达定量原理featureCount…
13
基因表达矩阵的生成与格式
基因表达矩阵的生成与格式 · 核心概念 · 实践要点
基因表达矩阵的生…格式
14
表达分布的基本统计量
均值 · 中位数 · 标准差
表达分布的基本统…均值
15
表达分布的可视化
密度图 · 箱线图 · 小提琴图
表达分布的可视化密度图
16
质控指标（一）
总reads数 · 比对率 · 唯一比对率
质控指标reads
17
质控指标（二）
基因检出率 · 表达量中位数
质控指标基因检出率
18
质控指标（三）
3'端偏倚 · 5'端覆盖均匀性
质控指标3'端偏倚
19
质控指标（四）
rRNA污染检测与链特异性评估
质控指标rRNA
20
质控指标（五）
PCR重复率与文库复杂度
质控指标PCR
21
使用FastQC进行原始数据质控
使用FastQC进行原始数据质控 · 核心概念 · 实践要点
FastQC使用
22
使用RSeQC进行比对后质控
使用RSeQC进行比对后质控 · 核心概念 · 实践要点
RSeQC使用
23
使用MultiQC整合多个质控报告
使用MultiQC整合多个质控报告 · 核心概念 · 实践要点
MultiQC使用
24
基于表达分布的样本间相关性分析
基于表达分布的样本间相关性分析 · 核心概念 · 实践要点
基于表达分布的样…重点
25
主成分分析（PCA）在质控中的应用
主成分分析（PCA）在质控中的应用 · 核心概念 · 实践要点
PCA主成分分析
26
批次效应的检测与可视化（如UMAP）
批次效应的检测与可视化（如UMAP） · 核心概念 · 实践要点
UMAP批次效应的检测
27
实战案例
从FASTQ到质控报告全流程
实战案例FASTQ
28
实战案例
比对率过低的原因排查与优化
实战案例比对率过低的原因…
29
实战案例
表达分布异常的样本处理策略
实战案例表达分布异常的样…
30
课程总结
构建可重复的RNA-seq质控流程
课程总结RNA-seq