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PCA与热图识别组学数据批次效应

共计 30 章节
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01
批次效应概述
什么是批次效应？为何需要识别与校正
批次效应概述什么是批次效应？…
02
高维数据可视化简介
主成分分析（PCA）的基本思想与用途
高维数据可视化简…PCA
03
PCA数学原理推导
协方差矩阵 · 特征值 · 特征向量的计算
PCA数学原理推导
04
PCA在R和Python中的标准实现与常用函数
PCA在R和Python中的标准实现与常… · 核心概念 · 实践要点
PCAPython
05
热图（Heatmap）基础
颜色映射 · 行/列聚类 · Z-score标准化
Heatmap热图
06
热图与PCA的内在联系
PCA得分矩阵与热图表示
PCA热图
07
数据预处理关键步骤
缺失值处理 · 标准化 · 归一化方法
数据预处理关键步…缺失值处理
08
批次效应的来源与类型
实验批次 · 试剂批次 · 测序批次等
批次效应的来源类型
09
检测批次效应的常用方法概览
PCA · t-SNE · UMAP
检测批次效应的常…PCA
10
PCA用于批次效应检测的原理
主成分与批次标签的相关性
PCA用于批次效应检测…
11
绘制PCA散点图并着色批次标签
用颜色直观观察分离
PCA绘制
12
二维与三维PCA得分图的绘制与交互式探索
二维与三维PCA得分图的绘制与交互式探索 · 核心概念 · 实践要点
PCA二维
13
解释PCA载荷图
每个主成分对应的特征贡献与生物学意义
PCA解释
14
用热图展示PCA载荷矩阵
突出高贡献变量
PCA用热图展示
15
批量绘制多个主成分组合的PCA热图
识别批次的维度依赖
PCA批量绘制多个主成…
16
使用方差分解（如PVCA）量化批次效应的影响占比
使用方差分解（如PVCA）量化批次效应的… · 核心概念 · 实践要点
PVCA使用方差分解
17
实战1
单细胞RNA-seq数据的批次效应P…
实战1RNA-seq
18
实战2
微阵列芯片（affy/illumin…
实战2affy/illumin
19
实战3
蛋白质组学（质谱）数据的批次效应热图…
实战3蛋白质组学
20
使用ComBat方法消除批次效应
原理与代码实现
ComBat使用
21
校正前后PCA热图对比
评估校正效果
PCA校正前后
22
其他主流批次效应校正方法
limma · Harmony · scVI
其他主流批次效应…limma
23
评估校正效果的指标
聚类一致性 · 差异基因重叠 · 距离分布
评估校正效果的指…聚类一致性
24
可视化校正结果
PCA热图与UMAP热图联合展示
可视化校正结果PCA
25
批次效应识别中的常见陷阱与避坑指南
批次效应识别中的常见陷阱与避坑指南 · 核心概念 · 实践要点
批次效应识别常见陷阱
26
大规模数据集加速PCA与热图绘制的技巧（近似PCA、分块计算）
大规模数据集加速PCA与热图绘制的技巧（… · 核心概念 · 实践要点
PCA大规模数据集加速
27
自定义热图配色方案
感知均匀 · 色盲友好 · 突出对比
自定义热图配色方…感知均匀
28
构建交互式PCA热图工具
Shiny R / Plotly /…
PCA构建交互式
29
在论文或报告中呈现批次效应分析结果的规范与建议
在论文或报告中呈现批次效应分析结果的规范… · 核心概念 · 实践要点
论文或报告呈现批次效应分析…
30
综合案例
从原始数据到批次效应校正与可视化完整…
综合案例从原始数据到批次…