3. Conda 基础命令：create, activate, deactivate, install, list, remove

好，咱们正式开始上手操作。这一章我会带你过一遍 Conda 最核心的几条命令。

我个人习惯把这组命令叫作“Conda 生存六式”。你想想看，不管是装软件、切环境还是删包，翻来覆去用的就是它们。记牢这六个动词，后面的 RNA-seq 分析环境搭建就不会卡壳。

3.1 创建环境：conda create

创建环境是所有操作的起点。命令非常简单：

conda create -n 环境名称 python=3.9

这里 -n 是 --name 的缩写，后面跟你想给环境起的名字。我给 RNA-seq 项目起名一般会带个版本号或日期，比如 rna_seq_2025。

创建时还能顺带指定 Python 版本和要安装的包：

conda create -n rna_seq_env python=3.9 fastqc trimmomatic

这样一条命令就能把环境、Python 版本和两个常用工具一次性搞定。

3.2 激活与停用环境

环境建好了，怎么进去？

conda activate rna_seq_env

你会发现终端提示符前面多了个 (rna_seq_env)，说明你已经在环境里了。这个时候装的所有包，都只属于这个环境，不会污染系统 Python。

用完之后退出来：

conda deactivate

嗯，这里要注意一件事。我在给团队做培训时遇到过好几次——新手在激活环境后直接关终端，下次打开又忘了重新激活，结果报“找不到命令”。记住，每次开新终端都要先 conda activate 一次。

3.3 安装与查看包

在激活的环境里装包，用 conda install：

conda install numpy pandas

想装特定版本：

conda install numpy=1.21.0

装完之后怎么确认？conda list 会列出当前环境的所有包：

conda list

输出看起来像这样：

# packages in environment at /home/user/miniconda3/envs/rna_seq_env:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
fastqc                    0.11.9               hdfd78af_1    bioconda
numpy                     1.21.0           py39h7f9e8a5_0    conda-forge
python                    3.9.13               h12debd9_0    conda-forge
trimmomatic               0.39                 hdfd78af_1    bioconda

这个表格非常有用。你能看到每个包的版本号、构建号，以及来自哪个频道（channel）。做 RNA-seq 分析时，我经常用 conda list 检查有没有装错版本。

3.4 删除包与移除环境

装多了怎么办？删包用 conda remove：

conda remove numpy

如果整个环境都不想要了：

conda remove -n rna_seq_env --all

或者更直接的：

conda env remove -n rna_seq_env

这两条命令效果一样，都是把环境连根拔掉。操作前一定确认好环境名，删错就真没了。

3.5 命令对照表

下面这张表把六条命令的关键用法和常用参数列在一起，方便你快速查找：

命令	常用参数	示例	说明
conda create	-n 环境名, python=版本	conda create -n test python=3.10	创建新环境，建议指定 Python 版本
conda activate	环境名	conda activate test	进入指定环境
conda deactivate	无参数	conda deactivate	退出当前环境，回到 base
conda install	包名=版本, -c 频道	conda install -c bioconda fastqc	安装指定包，可指定版本和频道
conda list	-n 环境名	conda list -n test	列出环境所有包
conda remove	包名, -n 环境名, --all	conda remove -n test --all	删除包或整个环境

3.6 实战流程画布

下面这张 SVG 图把整个生命周期串了起来。你看着它，就能在脑子里把命令过一遍：

图里展示的就是一个完整环境从生到死的流程。你可以跟着箭头走一遍：创建 → 激活 → 装包/查看包 → 停用 → 删除。这套流程每次做新项目时都会用到，跑顺了之后闭着眼睛都能打出来。