VIP20
本课程属于：026-分子对接筛选批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Nextflow质控节点设计从入门到实战

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
Nextflow概览
什么是Nextflow？核心概念（工… · 进程 · 通道）与应用领域
Nextflow概览
02
质控节点概述
生物信息学中的质控环节 · 常见质控工具（FastQC · Trimmomatic
质控节点概述生物信息学
03
Nextflow安装与配置
安装方式（conda · brew · 手动）
Nextflow安装
04
第一个Nextflow流程
编写Hello World工作流 · 理解进程和输出
Nextflow第一个
05
通道与数据流
通道类型（value · queue · file等）
通道数据流
06
参数与变量
流程参数定义 · 默认值 · 命令行传递
参数变量
07
进程定义与执行
进程输入声明 · 输出声明 · 脚本块
进程定义执行
08
条件与分支
if语句 · when条件 · 分支选择
条件分支
09
循环与并行
使用Groovy循环 · 并行处理（from · to
循环并行
10
错误处理与重试
errorStrategy · maxRetries · 错误状态管理
错误处理重试
11
缓存与断点续跑
工作目录 · 缓存机制 · -resume参数使用
缓存断点续跑
12
模块化设计
DSL2模块 · 进程模块化（module） · 模块复用
模块化设计DSL2
13
DSL2工作流语法
workflow块 · channel的生命周期 · 模块调用
DSL2工作流语法
14
使用nf-core模板
下载nf-core/qc模板 · 理解结构 · 自定义
nf-core使用
15
容器化
Docker和Singularity… · 容器配置文件（conda）
容器化Docker
16
环境与软件管理
使用Conda环境 · 使用Docker/Singulari… · Spec文件
环境软件管理
17
质控工具实战（一）
集成FastQC - 对输入样本进行…
质控工具实战FastQC
18
质控工具实战（二）
集成Trimmomatic - 去除…
质控工具实战Trimmomatic
19
质控工具实战（三）
集成Cutadapt - 接头和引物…
质控工具实战Cutadapt
20
质控工具实战（四）
集成MultiQC - 汇总多个质控…
质控工具实战MultiQC
21
自定义质控节点
如何将自定义脚本或工具封装成Next…
自定义质控节点Next
22
输入输出管理
sample sheet设计 · 动态输入输出 · 路径分发
输入输出管理sample
23
资源调度
集群调度器支持（SLURM · PBS · AWS Batch等）
资源调度SLURM
24
性能优化
I/O优化 · 并行度控制 · 利用缓存减少重复计算
性能优化I/O
25
调试与测试
日志分析 · 使用Nextflow自带诊断命令 · 单元测试（nf-test）
调试测试
26
工作流可视化
DAG图生成（-with-dag） · 统计报告（-with-report · -with-timeline）
工作流可视化DAG
27
持续集成与部署
使用CI/CD工具（GitHub A…
持续集成部署
28
实战项目
构建完整的RNA-seq质控流程（从…
实战项目RNA-seq
29
实战项目
构建完整的WGS质控流程（包括比对后…
实战项目WGS
30
课程总结与最佳实践
常见陷阱 · 代码组织建议 · 社区资源
课程总结最佳实践