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AutoDock Vina对接重现性与结果校验

共计 30 章节
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01
Vina简介与历史
AutoDock Vina的发展历程 · 应用场景及版本变迁
Vina简介
02
安装与环境配置
使用conda · 编译源码 · Docker容器部署Vina
安装环境配置
03
基本命令行使用
Vina的标准调用方式与常用参数概览
基本命令行使用Vina
04
受体文件准备
从PDB到PDBQT的转换流程（MG…
受体文件准备PDB
05
配体文件准备
SDF · MOL2转换为PDBQT的注意事项
配体文件准备SDF
06
盒子（搜索空间）定义
中心坐标 · 尺寸 · 格点间距的设定
盒子搜索空间
07
穷举度（exhaustiveness）参数
对精度与速度的影响
exhaustivene…穷举度
08
输出模式数（num_modes）与聚类阈值。
输出模式数（num_modes）与聚类阈… · 核心概念 · 实践要点
nummodes
09
随机种子与重现性
–seed参数的作用与使用技巧
随机种子重现性
10
并行计算
多核CPU加速与GPU替代方案（如V…
并行计算CPU
11
结果文件解析
PDBQT输出格式与DLOG文件的读…
结果文件解析PDBQT
12
结合能排序与构象聚类
使用Vina自带聚类方法
结合能排序构象聚类
13
批量运行脚本
Bash循环与Python子进程调用
批量运行脚本Bash
14
配置文件驱动
将参数写入文本文件避免命令行错误
配置文件驱动将参数写入文本文…
15
版本差异与重现性
Vina 1.1.2 · 2.3 · Vina-Carb等的区别
版本差异重现性
16
分子动力学预处理
使用Amber/GROMACS生成蛋…
分子动力学预处理Amber/GROMAC…
17
柔性残基处理
指定侧链可旋转残基的方法
柔性残基处理指定侧链可旋转残…
18
Ensemble Docking
同时对接多个受体构象的策略
EnsembleDocking
19
评分函数选择
Vina · Vinardo · AD4等内置函数的比较
评分函数选择Vina
20
自定义评分参数
修改权重文件定制打分函数
自定义评分参数修改权重文件定制…
21
浮点精度与平台差异
Linux/Windows/macO…
浮点精度平台差异
22
输入文件一致性
PDBQT的文件头 · 原子类型与电荷核对
输入文件一致性PDBQT
23
第三方工具版本控制
OpenBabel · MGLTools · pdb4amber的兼容性
第三方工具版本控…OpenBabel
24
质子化状态与互变异构体
确保输入分子结构一致
质子化状态互变异构体
25
对接结果验证
使用已知复合物的重现性测试
对接结果验证使用已知复合物的…
26
自动化重现性检查脚本
对比多次运行结果的R²与RMSD
自动化重现性检查…RMSD
27
工作流管理
Snakemake/Nextflow…
工作流管理Snakemake/Ne…
28
容器化部署
Docker/Singularity…
容器化部署Docker/Singu…
29
常见错误与调试
内存不足 · 文件路径错误 · 格式不兼容
常见错误调试
30
最佳实践总结
从输入到输出的完整复现性策略与模板
最佳实践总结从输入到输出的完…