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AutoDock Vina批次参数标准化与质量报告

共计 30 章节
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01
AutoDock Vina概述
Vina的诞生背景 · 与AutoDock 4的对比 · 核心算法原理
AutoDockVina
02
环境搭建
Linux/Windows下安装Vi… · 配置PATH · 验证安装
环境搭建Linux/Window…
03
基础输入文件
PDBQT格式详解 · 受体和配体的预处理 · charge与rotatable b…
基础输入文件PDBQT
04
配置文件解析
config.txt完整结构 · receptor/ligand路径 · center与size参数
配置文件解析config.txt
05
单次对接实操
命令行运行Vina · 输出日志解读 · docking结果文件（.pdbqt
单次对接实操Vina
06
参数标准化概念
为什么需要标准化？——批次对照一致性… · 标准化对象（能量 · rmsd
参数标准化概念为什么需要标准化
07
批次处理基础
Shell脚本批量运行Vina · for循环结构 · 参数化输入输出路径
批次处理基础Shell
08
Python自动化脚本（一）
os.subprocess调用Vin… · 读取配置模板 · 动态替换参数
Python自动化脚本
09
Python自动化脚本（二）
多配体/多受体场景 · 文件列表生成 · 并发控制
Python自动化脚本
10
参数批量设置
center坐标批量读取（从CSV） · exhaustiveness · num_modes
参数批量设置center
11
Grid box标准化
统一grid box尺寸 · 相对坐标计算 · 基于配体中心自动生成box
Gridbox
12
结果文件收集
正则表达式提取对接能量 · RMSD · 结合模式
结果文件收集正则表达式提取对…
13
能量归一化（一）
为什么需要归一化？——分子大小差异 · 原子类型差异 · Z-score标准化方法
能量归一化为什么需要归一化
14
能量归一化（二）
每个分子自己的归一化 vs 全局归一… · 标准化公式实现（Python num…
能量归一化vs
15
RMSD标准化
基于参考配体计算相对RMSD · 排序标准化 · 去重阈值设置
RMSD标准化
16
打分函数标准化
Vina打分项（gauss1 · gauss2 · repulsion
打分函数标准化Vina
17
批次结果的可视化
使用matplotlib绘制能量分布 · RMSD分布 · 散点图
批次结果的可视化matplotlib
18
多参数组合实验
使用itertools.produc… · 批量运行 · 并行执行
多参数组合实验itertools.pr…
19
配置文件模板管理
YAML/JSON格式管理模板 · Python解析 · 参数快速修改
配置文件模板管理YAML/JSON
20
日志与错误处理
Vina返回码 · 超时检测 · 错误日志归类
日志错误处理
21
并行计算加速
多进程multiprocessing · joblib与slurm调度器 · GPU加速（Vina-GPU）简介
并行计算加速multiprocess…
22
结果数据库存储
SQLite存储对接批次信息 · 参数 · 结果
结果数据库存储SQLite
23
参数优化流程（一）
单参数扫描——exhaustiven… · 确定最佳exhaustiveness
参数优化流程exhaustiven
24
参数优化流程（二）
多参数响应曲面 · 网格搜索与随机搜索 · 交叉验证
参数优化流程多参数响应曲面
25
标准化管道构建
设计可复用的pipeline（输入→…
标准化管道构建pipeline
26
案例分析（一）
虚拟筛选批次——1000个配体标准化… · 处理能量异常与大分子差异
案例分析虚拟筛选批次
27
案例分析（二）
柔性侧链对接标准化——如何处理配体柔…
案例分析柔性侧链对接标准…
28
常见坑与避免
center坐标不一致 · exhaustiveness太低导致… · rotatable bonds未配位
常见坑避免
29
结果报告自动生成
HTML报告模板（含图表 · 统计表 · 参数记录）
结果报告自动生成HTML
30
总结与最佳实践
参数批次标准化的整体流程 · 代码仓库组织 · 文档撰写
最佳实践参数批次标准化的…