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Nextflow批次质控工作流编排与版本管理

共计 30 章节

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课程介绍与Nextflow概述

Nextflow的发展背景 · 在生物信息学中的应用优势 · 本课程的学习目标与路线图

Nextflow课程介绍

Nextflow核心概念

通道（Channel）与进程（Pro… · 数据流模型 · 基本术语解释

Nextflow核心概念

安装Nextflow与环境配置

系统要求 · 通过Conda/Docker安装 · 环境变量设置

第一个Nextflow脚本

编写“Hello World”流程 · 运行与输出解读 · 理解脚本基本结构

Nextflow第一个

数据质控基础

FastQC工具的作用 · 安装FastQC · 手动运行与结果解析

数据质控基础FastQC

使用Nextflow运行FastQC

将FastQC封装为进程 · 输入通道设计 · 输出结果收集

多样本并行处理

通道的队列与分发 · 多输入文件自动并行 · 资源分配优化

多样本并行处理通道的队列

MultiQC集成 · 在Nextflow中调用MultiQ… · 生成统一报告

结果汇总MultiQC

参数化流程

使用params定义参数 · 配置文件（nextflow.conf… · 命令行传参

参数化流程params

Docker与Singularity… · 在Nextflow中指定容器 · 避免版本冲突

依赖管理Docker

模块化设计

定义子流程（Subworkflow）… · 代码组织最佳实践 · 复用性提升

模块化设计Subworkflow

条件分支与选择

if/else逻辑 · switch语句 · 基于样本元数据的分支处理

条件分支选择

错误处理与重试机制

try/catch · errorStrategy · maxRetries

错误处理重试机制

日志与调试

日志级别设置 · 查看执行历史（trace） · 调试模式（-process.debu…

CPU · 内存分配 · cpus

资源管理CPU

发布通道与输出管理

publishDir参数 · 文件命名规则 · 结构化输出目录

发布通道输出管理

使用NF-core社区模板

nf-core工具安装 · 从模板创建流程 · 自定义修改

自定义质控流程

Trimmomatic集成 · 设计质控与修剪步骤 · 参数调优

自定义质控流程Trimmomatic

集成其他工具

FastP · Cutadapt：多工具链组合 · 统一输入输出规范

集成其他工具FastP

数据格式转换与合并

使用Seqtk · SAMtools等工具进行格式转换 · 合并多个质控结果

数据格式转换合并

质控报告生成

自定义HTML报告模板 · 嵌入统计图表 · 自动化邮件通知

质控报告生成HTML

缓存与中间文件：cache机制 · 中间文件清理 · 避免重复计算

性能优化cache

Slurm · SGE等：配置集群执行器 · 提交作业参数

集群执行Slurm

AWS云环境执行

配置AWS Batch · S3存储集成 · 成本控制策略

AWS云环境执行

版本控制与协作Git

Git仓库初始化 · .gitignore设置 · 分支管理与Pull Request

Git版本控制

单元测试与断言

使用Nextflow测试框架 · 断言输出文件内容 · 持续集成（CI）集成

单元测试断言

流程文档生成

注释规范 · 自动生成Markdown文档 · 用户手册编写

流程文档生成注释规范

完整RNA-seq质控流程 · 多任务并行 · 结果解读

完整WGS质控流程 · 覆盖度统计 · 变异检测前质控

总结与进阶方向

常见错误回顾 · 社区资源 · Nextflow最新特性

进阶方向常见错误回顾